中央研究院院長新舊任院長將在今年10月交接，評議會4月16日雖票選出3位候選人，然而卻傳出遴選過程經重量級評議員主導，外界質疑聲四起。院長遴選委員會召集人、現任副院長王瑜30日發聲明稿，澄清評議過程絕非外界所揣測，而是召開會議討論以無記名方式投票。
為何改採無記名排序投票？
面對外界質疑評議會上的投票方式，王瑜解釋，當天是依照中研院相關規定架構下，先經過所有在場評議員討論，並徵詢2/3以上人數同意後，採取無記名排序投票的方式，否認「由單一評議員提案並迫使評議會通過」的說法。王瑜聲明稿中表示：「對外界某些不符事實之錯誤解讀，深表遺憾」。
在聲明稿中，王瑜也一再強調，遴選委員會會議及與被提名人面談皆有紀錄。然而，為了保護被提名人，遴選過程均為保密。另外，面對媒體報導的候選人人選，王瑜也澄清：「外界名單絕非本委員會提供」。
此外，有消息傳出，前中研院院長李遠哲要求等到520之後，再將遴選名單交付總統府，聲明中也特此解釋，當天評議會僅決定按照慣例會在1個月內呈報，並無特別訂定何時將選舉結果呈報總統。
海外院士醞釀連署重新遴選
對於多位海外院士醞釀連署呼籲總統退回3人名單，重新遴選院長，王瑜晚間接受《中央社》電話採訪，表示可能因為院長10年才選一次，許多院士不太清楚遴選流程。院方近來已透過電子郵件等方式溝通，希望釐清相關爭議。 （相關報導： 獨家》「像菜鳥參選立法院長一樣荒謬」院士連署 籲馬英九退回中研院長候選名單 ｜ 更多文章 ）
王瑜表示，尊重海外院士發起連署，但如果總統真的退回了，代表整個遴選流程必須重頭走一遍，原有的4人、3人名單都得從頭來過，恐怕又要耗很多時間，也會是中研院院長有任期制以來首開先例。
