繁瑣的都市計畫規定是柯文哲案的深水區，檢察官在此犯了不少錯誤，包括：第一：容積管制，包括限制與獎勵，實為兩軌制，但檢察官亂軌、混軌而思路打結。醫師蘇偉碩找出了內政部2010年專案報告、監察院2012年調查研究報告、台北市議會公報第90卷第9期刊載的市府說明，都清楚顯示「兩軌制就像台鐵的山線與海線，各有不同的法令依據！不是上下關係。」（蘇偉碩語）；但檢察官偵訊時硬要拿第一軌的法令（土管條例）壓第二軌的都市計畫細部計畫，因而指責威京案中的都委會「權力這麼大」、「那我不是創設一個皇帝嗎？我不是傅崐萁了？」
第二：檢察官在談都市計畫通案原則與個案（威京容積獎勵案）規定時，總把通案與個案對立起來，然後指責依個案創設的規定違反一致性、公平性。其實個案與通案是互補、不衝突。個案未必是例外，也不是特權，個案處理、個案討論、個案協商，是臺灣都市計畫引進英國的規劃許可後，乃至後來容積獎勵流行，再正常不過的實務作法。個案與通案最大的不同，不是因人（開發商）設事，而是賦予公務體系較大裁量權，但仍然要合法、合程序。這點檢察官總弄錯，好像個案處理就是藏污納垢。
