翁啟惠涉貪汙案經士林地方法院判定一審無罪，但監察院對他的彈劾、公懲會判他申誡仍在。
翁啟惠再三請求再審均遭駁回，原來監察院已經存在的彈劾案，無法重新覆查。
當監察院「訴願審議委員會」認定當事人沒有財產申報不實而撤銷裁罰、「廉政委員會」也認為他沒有違法利益衝突迴避法規時，但監察院對該當事人的彈劾文依然存在無法撤回，同一機關有南轅北轍審議，這樣尷尬場面正在監察院發生，案件當事人就是前中研院院長翁啟惠。
翁啟惠2017年因捲入浩鼎貪汙案而被檢察官起訴，同年7月時任監察委員仉桂美、包宗和、劉德勳及王美玉等人，依檢察官起訴內容，提出8項缺失彈劾翁啟惠。但在彈劾成立後，2018年12月28日，士林地方法院宣判翁啟惠貪汙一審無罪，而檢察官也很罕見沒有主動提起上訴，此案在司法上就正式宣告無罪終結。(延伸閱讀：臉書不做社群媒體！ 轉型「元宇宙」企業 祖克伯不只看見5G商機，也為了擺脫蘋果緊箍咒？)
懲戒法庭無法撤銷申誡處分 點出監院缺乏糾錯機制
不過，司法上的判決並沒有等同監察院對翁啟惠身為公務人員的審判結果。2019年四月，公務員懲戒委員會（現為懲戒法庭），依監察院的彈劾文，認定8項缺失仍有2項有問題。「未能遵守應誠實申報及揭露可能發生利益衝突情事之規定，固屬非執行職務之違法行為……但使人民喪失對政府施政之信賴，嚴重損害政府之信譽。」判翁啟惠申誡處分。
只不過公懲會認定的2項缺失都在監察院的委員會中「還了翁啟惠清白」。其中，財產申報不實部分，訴願委員會相繼撤銷翁啟惠3次、總金額270萬元裁罰；廉政委員會則認定「無具體事證認定翁啟惠違反利益衝突迴避法規。」而翁啟惠也根據委員會的決定，以此當新事證向公懲會提出再審請求，但遭駁回。
翁啟惠以審理中為由未接受本刊採訪，不過據他朋友表示，翁啟惠之所以一而再、再而三提出再審請求，主要是考量將來若有機會得到國際學術大獎時，「他希望到時候是清清白白。」翁啟惠也向朋友表示，司法院判定無罪以及監察院委員會都已經認定他沒有財產申報不實與違反利益衝突迴避原則，為何懲戒法庭仍無法撤銷對他的申誡處分？
接獲翁啟惠陳情的監委蔡崇義指出，監察院確實遭遇到進退兩難情況，就是委員會決議跟彈劾文內容不同時，決議能否成為懲戒法庭的審判依據？
以翁啟惠案例看，當財產申報不實遭3次裁罰經訴願後撤銷，給女兒股票的贈與稅部分，經國稅局調查，以超過7年追查時間而註銷裁罰；至於揭露利益衝突迴避部分，監察院廉政委員會調查，查無違法的具體事證，這些認定都與原有彈劾文內容有所不同，懲戒法院到底要依據哪個意見？
對此，蔡崇義在今年3月進行調查，企圖從法規上釐清爭議，最後調查報告認為「委員會的決議理應有對彈劾文的拘束力」。他表示，翁啟惠在今年5月以這份最新調查報告，第3度提出再審但仍遭駁回。6月翁再提再審上訴，懲戒法庭向監察院提出意見要求時，蔡崇義等監委再度以此調查報告結論發文給懲戒法院，作為參考意見。 （相關報導： 翁啟惠彈劾案逆轉？監委提「不同意見書」：持股證詞上反覆不一 ｜ 更多文章 ）
不過，此舉引發原彈劾監委王美玉不滿。「1個翁啟惠，2個監察院？」她認為蔡崇義程序不正義，違反《監察法》第16條及施行細則第11條規定「簽核意見應由原彈劾監委出」（王美玉也有1份簽核意見送到懲戒法庭），消息曝光後，外界一片譁然。
