民進黨第一次執政，陳水扁前總統於「全民政府」失敗後，盼透過「黨政同步」，貫徹個人意志，於 2002年間民進黨全代會，增訂民進黨黨章第15條之一，讓民進黨總統從就職之日起，至其卸任時，為民進黨主席，任期以憲法規定之任期為一任，但如總統無意兼任黨主席，便依黨章15條，舉行黨員直選，選出新任黨主席。
除了總統得兼黨主席，黨政同步下， 該年間增訂的黨章15條之一也明訂，民進黨籍副總統、行政院長、總統府秘書長也是當然中常委，而立院黨團當然中常委席次，則在民進黨中央執政時，縮減至僅有立院黨團總召集人1人。
當年還修訂黨章第4條，包含前述人士，民進黨籍總統府副秘書長、中央政府院長、副院長、秘書長、政務委員，部會正副首長，也都是民進黨全代會當然黨代表，成為府院在黨內的決策系統的實質力量。
不過，當年本擬修黨章20條，移除秘書長需專任規定，以讓扁當時屬意，還任立委的新潮流洪奇昌接掌秘書長，但被扁逼離黨主席職務的謝長廷示意不支持下，該修正案無法衝過與會人數3分之2通過的高門檻，民進黨秘書長，至今仍須專職。 （相關報導： 扁馬最後都兼黨主席，蔡英文擺脫得了嗎？ ｜ 更多文章 ）
陳水扁於2002年4月間，也在黨章修正後，正式兼任民進黨主席，直到2005年底，因立委選舉，未達預期之國會過半目標，才引咎辭去黨主席職務，當時民進黨便依黨章規定，由黨員直選方式，選出蘇貞昌繼任，但蘇任不滿一年，因2005年縣市長敗選請辭，又在2006年1月間，選出游錫堃繼任，但游在2007年9月，因特別費案被起訴引咎辭職，黨內折衷後，又讓扁於2007年10月間，依黨章15條之一，總統得兼任規定回任。
