因應民主與轉型正義「國史館不修國史，應由全民用自己的力量書寫」，這是國史館長吳密察對前往巡察的監察院長張博雅等一行人所言的。張院長的回應是，「蔡總統的話不一定要聽」，因而引來部分監委與學者的批評。
在這個爭議中，有人認為張院長失言、有失風範；有人則指責張博雅的說法是要國史館罔顧行政倫理，監院應端正官箴，張卻要下屬機關公然反抗長官指示，相當離譜。
對此，張博雅受訪時指她所說的「蔡總統的話不一定要聽」意即「各國都有國史，就是怎樣編纂而已；國史館有一貫作業，執事者可以自己處理。」沒有錯，國史館是總統府下轄機關，聽長官的指示這是行政倫理，問題是國史館負責修史，修史是依客觀事實而為？還是依長官指示而為？若是總統的指示有誤有偏差，國史就得依著這個錯誤與偏差寫下去嗎？做為史官真的就只知道服從長官而毫無自己的專業主見？
文天祥《正氣歌》有言「在齊太史簡，在晉董狐筆」不就是中國傳統歷史中史官「不畏強權，直書不隱」的精神典範嗎？國史館不是應為中華民國服務而非為任何政黨或執政黨服務的，那麼張院長此言又有何失格之處呢？
唐太宗李世民在貞觀十六年四月突然想看看記錄他日常言行的《起居錄》，找了執筆的史官禇遂良問他君王能否看《起居錄》？禇的回答是：「今之起居，古之左右史也，善惡必見，戒人主不為非法，未聞天子自觀史也。」《起居錄》中善惡必錄，重點就是在警戒皇帝不可以非法妄行，沒聽過天子自己觀看自己的歷史的。以此回絕了太宗要求。褚對於史官角色與立場的堅持就是「守道不如守官，臣職載筆，君舉必書」。奉行自己的職守，記載下君王的一言一行。史官應有的堅持不就是為國家記下所有的史實？以做為後世之師。
然而，國史館長吳密察顯然無視於這種史官的精神傳承，他所奉行的是小英總統所交代的「開放資料」與「轉型正義」。蔡總統在2017年6月24日出席「國史館檔案與歷史研究學術研討會」開幕式，表示民主時代不應有所謂的「官史」或「正史」，國史館是大家的國史館，因此，政府非常歡迎有更多的學者及民眾，一起來利用國史館檔案。這當然是一個進步，開放資料讓全民共同來了解過去中華民國正副總統的一言一行，當然是好事。不過，民主時代應否有「官史」或「正史」的議題，顯然值得商榷，美國等國皆有正史，輕言不要，是否有些草率？
還好，小英總統接著就說，「透過反覆的比對、驗證及討論，我們可以更加貼近歷史事實，也可以對中華民國的歷史，產生更多元的歷史解釋。」開放資料是民主的趨勢，國史館抓住了重點，可是自2016年8月1日起，國史館開始實施新的「國史館館藏檔案史料開放應用要點」及閱覽制度，以往國內、外研究者由隨時到館查詢，更改為「審查預約制」。這種限定顯然不符合民主開放，至於借閱資格中強調「平等互惠之外國人」，中國大陸與港澳人士明顯被排除在外，自然是有所「顧忌」而為。 （相關報導： 風評：其實總統府一直都是民進黨的競選總部 ｜ 更多文章 ）
無怪乎立刻有一群博士生發起「捍衛學術自由•反對閱覽新制」網路連署，約400名國內外學者教授、教師、學生與民眾加入連署。對於這個希望蔡總統能夠聽到的聲音，吳館長以「依法行政」還有搬出《檔案法》及《政府資訊公開法》來回應，前者是對借閱資格不設限的，馬執政時期就是依此辦理，讓國內外學者可以自由借閱；後者則是針對外國人借閱時，強調「必須是該國未限制中華民國國民申請資訊者」，民進黨在一上台就採取從嚴借閱的規定。當然引來的就是打壓學術自由的不滿聲音，只是吳館長似乎完全服從總統的指示，這個模式好像在教長潘文忠身上也可以看見。
