針對《風傳媒》報導＜學閥鐵三角 壟斷國立大學校長遴選＞，台灣聯合大學系統與國立交通大學來函聲明如下：一、台灣聯合大學系統系統校長的聘任，係經由系統委員會全體委員決議通過，再報請教育部核准聘任，所有程序皆符合「大學系統組織及運作辦法」。
由中央、交通、清華及陽明4所大學成立的台灣聯合大學系統，是台灣高教史上由下而上策動的第一個大學系統，起因於4校雖各具特色，但相較國際一流名校，皆有規模過小、學門不完整的缺憾，實有必要成立大學系統，結合4校教學與研究能量，發揮互補性，以提昇教學品質與追求學術卓越。4校在教育部宣布施行「推動研究型大學整合計畫」之後，於2003年10月8日提出試辦共組「台灣聯合大學系統」，經4校校長會議通過，向教育部提出3年試辦期限。
根據組織試行辦法，系統下設置系統委員會，4校校長為當然委員，中央研究院、工業技術研究院、國家衛生研究院或相當之學術研究機構的首長，及具高等教育行政經驗的學者，共9人組成，由委員互推1人為主席，任務包括重要政策審定，以及系統校長推選、續聘及解聘等。系統校長經由系統委員會推選後，報教育部核准聘任，負責綜理系統校務與聯合發展事宜，執行系統委員會的決議，對外代表台灣聯大系統。
在系統試辦期間，系統委員推舉李遠哲院長擔任委員會主席（2003.10-2006.1）、劉兆漢院士擔任系統校長（2003.10-2006.10）。劉院士於2006年10月辭去系統校長，接任中央研究院副院長乙職；4校校長決議向系統委員會推薦曾志朗院士接任，經過系統委員會議決議通過，報教育部核准，聘請曾院士擔任系統校長（2006年11月）。
台灣聯大系統在2006年10月7日試辦到期後，經教育部同意，得以延長辦理至「大學系統組織及運作辦法」完成法制作業程序；2008年1月24日，奉教育部核定正式成立。系統校長的產生，仍由系統委員會（4校校長、中研院院長、工研院院長、國衛院院長，對高等教育有相當研究並具學術地位之社會公正人士，共9至11位成員）負責推選，再報教育部核准聘任。
台灣聯大系統正式成立後，系統委員會議決議，續聘曾志朗系統校長。曾院士於2008年5月接任行政院政務委員，辭去系統校長一職。系統委員會決議由陽明大學吳妍華校長代理。吳校長於2011年獲選為交大校長後，因交大校務繁重，於2012年4月向系統委員會辭去代理一職。系統委員會決議，聘請曾志朗院士於2012年5月起擔任系統校長至今。
二、曾志朗院士於1999年獲選為陽明大學第3任校長，2000年應總統之請，借調擔任教育部長。陽明大學校長一職由教務長吳妍華教授代理。
三、陽明大學隨後組成校長遴委會，當時為兩階段校長遴選。陽明大學遴委會選出吳妍華教授等3位候選人，送至教育部遴委會，教育部遴委會圈選時於美國任教的第一候選人，教育部長曾志朗依部定程序，尊重遴選委員會意見，圈選其建議之人選。惟該名候選人後來因故取消回台就職，教育部遴選委員會再次審議後，推薦代理校長吳妍華，呈部長核定。吳妍華代理校長於2001年11月正式就任陽明大學第4任校長，並經陽明大學校務會議通過續任案（2005年11月至2009年11月），且代理至2010年8月第6任校長梁賡義院士就職前。
四、交通大學第10任校長遴選委員會的召集人為前交大副校長、光電工程學系榮譽退休教授祁甡，曾志朗院士並非遴委會召集人。遴委會選出吳妍華院士為新任校長，於2011年2月正式就任。
五、國立大學校長產生，非由部派遴選委員決定校長人選，而是遴選委員會共同決策的機制運作。遴選委員會皆以公正、公平、客觀之原則設立，絕無可能因個人或2、3人力量而影響校長選舉之情事。報導內容指控曾志朗系統校長和劉兆漢院士、吳妍華校長操弄與把持國立大學校長遴選，嚴重詆毀個人聲譽，及破壞學術信賴體制。
國立大學校長遴選委員會的組成，皆依據「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，以公正、公平、客觀之原則設立。以交通大學第10任校長遴選委員會為例，組成人員包括9位交大各學院代表、2位交大校友代表、7位社會公正人士，及3位教育部代表，共21位，名單多元且具有代表性，校長人選並經全校教師投票同意，未如報導所述，能以個人或2、3人力量，影響國立大學校長選舉之情事。所有國立大學校長的遴選皆如此。
