國安會秘書長金溥聰視導調查局、移民署與警政署，引發越權違憲的爭議，雖然國安會對外說明一切「合憲合法」，並表示未來持續定期到國防部軍事情報局與憲兵指揮部等單位視察，但國安人士表示，國防部所屬的軍事單位視察只有總統與國防部長，若國安會以國安業務進行視察，有侵犯總統三軍統帥職權的疑慮。
相關人士指出，軍情局重要的情資，依現行的規定都是軍情局長單獨向國防部長彙報，經國防部長在小軍談中，單獨向總統報告後，才會指示國安會秘書長，或交由國安局進行相關任務的分派，就因為軍情局在情報業務的重要地位，以及國防部所屬的軍事單位，若國安會秘書長或是國安局長以國安團隊為名來視察，恐侵犯到三軍統帥的職權。該人士並指出，國防部軍事情報局完全是對中國大陸工作，其業務機密等級高，歷任的國安局長從未有前例，以業務為名前往視察，依慣例只有總統視察時，國安局長或國安會秘書長才會陪同到軍情局，平時情報業務都是以專案方式邀集軍情局相關單位進行研討或意見交換。國安人士指出，國安會秘書長是總統擬定國家政策提供建言的諮詢幕僚單位，雖然依法國安局隸屬國安會，但國安會就行政法上是屬於秘書單位，而國安局是有行政權可指揮、統合指導情報機關的單位，國安局為與國安會有充分的溝通，從民進黨時期，以聯誼方式由國安局作東邀國安會外宿旅遊，到馬總統執政，改以每半年在國安局陽明山招待所，邀集國安會各處主管與國安局相關業務主管面對面進行工作討論的聯誼活動，但從沒有邀請的相關情報治安機關人員參與，這就代表國安會在行政體制上，僅是總統的秘書諮詢單位。軍方人士指出，國防部軍事情報局的工作業務機密等級高，基於維護情報人員安全，行政業務上或是相關情報業務的督導，都是由軍情局派員前往參加，因此軍情局歷來只有總統與國防部長的視察，連國安局長都是陪同總統才會來到軍情局。
