海基會副董事長高孔廉請辭獲准，總統府正為接替人選進行徵詢，然而高孔廉請辭背後透露的派系傾軋，卻讓馬英九總統傷透腦筋。據了解，高孔廉去職的導火線，來自副總統吳敦義親信、海基會董事長林中森，與駐美大使金溥聰人馬、海基會顧問朱甌主導會務，讓高孔廉感到不受尊重，憤而堅拒馬英九慰留。
高孔廉在上週與馬英九晤談後，確定去職，外界解讀為他與林中森不和傳聞的檯面化。但據知情人士透露，前海基會董事長江丙坤退休時，高孔廉已表達同進退之意，但在馬英九全力慰留下，高孔廉允諾繼續努力。高、林二人雖作風不同，但未到難以共事的程度。
然而直到曾在馬英九競選台北市長總幹事、被歸類為金溥聰人馬的朱甌進駐海基會，擔任會務顧問，平日在談及海基會務時「言必稱金溥聰」，而與吳敦義親近的林中森更對其言聽計從，兩人合作越趨密切，讓高孔廉感到不受尊重，並在去年向馬英九再度請辭。
會務人士透露，馬英九留人成功後，並未解決高孔廉被林、朱聯手架空的問題，「把人才留下又不好好地用」。去年底朱甌被爆在海基月領高薪，在職務內容不明的情況下還得到考績甲等，立委要求停聘。但林中森全力為其護航，硬是為其創設一個不曾存在的「董事長辦公室主任」職位；儘管海基會依立委要求，明年不再發給朱甌考績獎金，但朱甌在會內地位未受任何影響，也讓高孔廉辭意更為堅定。
高孔廉早已規劃在2月5日台商聯誼餐會上正式向台商告別，總統府正為接替人選進行徵詢。海基會副秘書長馬紹章，與前陸委會副主委、國家政策研究基金會委員鄭安國，都被媒體視為熱門人選。
其中馬紹章自2009年初起出任海基會副秘書長，溫和風格讓他與前後兩任董事長均配合良好，也很受到媒體歡迎，被形容為秘書長人選「無縫接軌」的最佳人選。但他本人卻坦承，至今尚未接獲徵詢，不知消息自何而來。
而海陸會務人士分析，曾任國民黨智庫副執行長的馬紹章在政壇被歸類為連系人馬，任職海基會之後，又與前國安會秘書長蘇起關係頗佳，在海基會內金、吳結盟的派系生態下，被形容為「像水一樣誰都能配合」的馬紹章能否順利晉升，還有頗多變數。
