護樹團體自前北市長郝龍斌時期，就強力阻擋怪手移大巨蛋周邊行道樹，然而，市長柯文哲也遭公開的公文揭露，原應由體育局主責的業務，卻由市長室出馬召開會議，意在協助遠雄通過移動受保護樹木作業，但過程不公開，黑箱的程度，讓護樹團體痛斥，是柯文哲與趙藤雄聯手喬事。
松菸公園催生聯盟召集人游藝表示，根據公開的資料顯示，2015年1月21日晚間，柯文哲與遠雄董事長趙藤雄會面，市府拿出同意協助樹木移植為條件，來交換遠雄依照監察院的糾正修改BOT契約，但遠雄後來拒絕修約，北市府才以「大巨蛋有公安疑慮」為由，發文勒令遠雄停止移植樹木，雙方的交換沒有成功。
游藝在記者會現場拿出2份市府公文，遠雄於2016年11月4日函文市府主責大巨蛋的「體育局」，請體育局儘速進行行道樹遷移，還在公文中言明，「倘若因貴府態度反覆未進行旨案行道樹遷移，其行政拖延將使本公司蒙重大損失，故因旨案所遭受工期延宕、營運許可年限、營運不佳之損失與相關損失與責任，均應由貴局完全承擔」。
本屬於體育局的業務，卻由另一份遭揭露的公文會議記錄，顯示是由柯市府「市長室」出來協調相關，該份會議記錄顯示，2017年1月24日由市長室專員賴彥霖擔任會議主持人，會中結論，請遠雄修改原核准的樹木移植計畫書、補充移植時程表及相關調整，還提及路型改善的作業辦理情況，並於最後提到「前揭移植計劃書如審查通過後，請遠雄巨蛋公司核准移植日期預先申請光復南路及忠孝東路的路權」，游藝表示，顯然市長室跳過體育局，有意讓移樹通過。
游藝表示，大巨蛋相關的爭議都未釐清，樹木移植計畫也從未公開讓外界檢視與公民參與，柯市府就打算於本月進行大巨蛋周邊超過50年為應受保護樹木的斷根計畫，游藝痛斥，「為什麼市府私底下用這種方式喬事情？」「這就是柯市府口中的公開透明嗎？」
松菸護樹志工陳家民也沈痛表示，三年前，柯文哲競選市長時，曾到大巨蛋周邊現場，聲援護樹行動，並支持樹木原地保留，還高喊「如果我們不把樹當作樹看待，當成生命的話，如何建立把人當人看待的社會」，但卻在當選後，不願意繼續守護堅持的價值，在遠雄的BOT契約一個字未修、不按圖施工未改善、變更建照未通過的情況下，就要私下喬事讓遠雄移樹，幫遠雄解套，與郝龍斌無異。 （相關報導： 大巨蛋熱身賽後》大巨蛋去留i-Voting擬成案 北市府有望附條件投票 ｜ 更多文章 ）
