針對復興航空無預警停飛並決定解散公司後交通部的處理，前交通部長葉匡時表示，從危機處理的角度評價，是處理得「非常差」；至於事件發生之初，政府一度要接管興航及扣押董監財產，他則直評：亂來！
葉匡時表示，復興航空突然停飛的政府處理，可以從兩個角度看，第一個是危機處理的方式，第二個是航線分配問題。
他分析，發生此事後的危機處理中最重要、且要優先解決的就是旅客滯留海外問題。飛機突然停飛導致旅客在國外回不來，交通部要對所有已經受影響的旅客作緊急處理。復興航空的航線大部份都有其它航空公司飛，政府應該協調由當地代表或航空公司儘速把旅客載回國；如果是興航獨家航線者，同樣可協調旅客到距離最近、有其它航空公司飛的地點搭機返國。
獨家航線，要優先處理北花航線問題
第二個要立即解決的是北花航線問題，他強調所有航線最危機的就是花蓮到台北航線，這是復興的獨家航線，興航停飛就等於北花航線中斷，因此交通部要緊急處理，趕快對外宣布由那家航空公司接手續飛；而且此事並不難，當天即可協調確定並對外宣布。至於其它航線的處理則不必如北花航線一樣的急迫。
第三個是涉及到其它旅客與勞工權益部份，興航停飛與解散引發的許多事已經超越交通部職權，需要跨部會處理，交通部應該馬上向行政院反應成立跨部會小組，一起就勞工權益、消費者權益、及法律上是否有內線交易等問題進行調查與研商對策。
葉匡時認為，如果交通部第一時間就作好這三點的危機處理，並對外公告，整個情況就可平息，其它事其實可慢慢處理。對這次交通部的因應，他認為從危機處理的角度看是作得「非常差」，如果交通部早早作好，根本就不需要院長、總統跳下來親自指揮。
除了危機處理之外，葉匡時認為交通部需要處理的第二個大問題就是航線問題；雖然航線涉及不同國家的民航單位、航站機場等，但一般而言，航線分配如有改變，是我方可直接決定，只是需要通報對方，對方通常不會有意見，不過仍有一個程序要走，需要一些時間。
航線重分配要考慮「瘦肉綁肥肉」
但葉匡時指出，問題是航線的分配涉及每家航空公司的利益問題，因此不能隨便指定那家飛那個航線，以免出現獲利高的航線獨厚某家，或虧本航線都由某家飛的不公平現象。因此，交通部過去的作法都是「瘦肉綁肥肉」。
例如要華航全部接手復興航線，華航其實當然要評估是否合理，以兩岸航線而言現在幾乎一定虧本，所以華航未必願意飛。而從另外一個角度看，有些航線是否該趁機重新檢討，例如過去復興航空因為要與其它家競爭，所以航線與其它家重覆，但如果每家載客率都不高，其它就該取消，而不應要其它航空公司接手。這部份涉及很多專業的考量與檢討，但問題不是那麼急迫，交通部其實可作得更好。
至於停飛發生時，政府說要扣押復興董監事財產，交通部也尋找法源想接管興航，葉匡時是直斥：亂來嘛。
他說，如果興航公司內部確實有犯法，那就依照法律程序辦理，否則憑什麼扣押董監財產？以目前的訊息來看，興航確實是因大環境因素，或是加上本身經營不善，才走上解散公司之路，這種情況下政府怎麼可以扣押董監事財產？
對接管的想法，葉匡時認為也一樣「亂來」，他說：如果政府接管後要原來的員工繼續飛嗎？讓沒有經營能力的政府官員去負責，萬一發生任何事故，是該興航股東賠還是政府賠？他強調，所謂的接管其實非常複雜，否則當年處理高鐵財務問題時，交通部不就直接接管即可？ （相關報導： 風評：復興航空「任性第三代」，企業該警惕：兒子有能力接班嗎？ ｜ 更多文章 ）
對外界責怪復興航空未事前告知政府一事，葉匡時則表示：其實可以理解。因為如果興航真提早一個月告知政府，消息沒兩天就走漏，屆時員工必然人心惶惶，那飛機非停飛不可，甚至可能飛機飛到海外就被扣押飛不回來。不過，他認為交通部的警覺性應該要高點，興航的財報不佳又惡化，民航局其實可早幾個月掌握，並預作因應。
