日前經高雄市長陳菊證實民進黨候選人蔡英文副手為中央研究院副院長陳建仁，對此中研院在16日發表聲明表示，陳建仁已請辭特聘研究員兼副院長職務，擔任蔡英文的副總統人選，面對陳建仁的決定中研院也表示非常惋惜，而接任的副院長人選仍在徵詢中。
陳建仁在公共衛生及流行病學方面，在國際上備受推崇，因此在擔任副院長期間，對生命科學的發展及學術行政皆有很大的貢獻，中研院認為，擔任過衛生署署長及國科會主委的陳建仁，處事圓融且善於溝通協調，是一位國家非常重要及難得的人才，對於陳建仁決定從學術再投入公共服務，為國家做出更大的付出，給予尊重與祝福。
此外，中研院提到對於最近外界有關院長翁啟惠的相關報導，翁啟惠強調，並非事實，並未被徵詢過任何新職位也從未考慮，會專心於院長職務及院務的推動，2016年10月卸任後將回歸學術研究。
