面對蔡英文一面看好的2016年總統大選選情，民進黨內核心幕僚們對於蔡英文副手的首要考量，就是以「不失分」為原則，不過相較於蔡英文始終列為首選的央行總裁彭淮南，其實，民進黨內更樂見蔡選擇陳建仁做為搭檔。因為彭固然有「12A」級的央行總裁金冠及絕對權威的財經專業，與蔡英文私交甚篤；但陳建仁兼具學術專業，社會形象極佳，又有一定政治背景，而且陳的出線，並不衝擊民進黨內的政治生態現況，亦不影響黨內未來接班梯隊的養成，陳建仁可以跨越政治與非政治領域的個人優勢條件，都讓民進黨樂於接受蔡英文與陳建仁的搭檔組合。
陳建仁有南部背景 父親是國民黨高雄白派大老
陳建仁不僅是氣質溫文儒雅的學界清流，國際知名公共衛生和流行病學專家，又曾任扁政府時代政務官，先後擔任衛生署長、國科會主委；與前中研院長李遠哲交情深厚。陳建仁是高雄旗山人，父親陳新安是國民黨高雄縣白派大老，曾擔任第二屆縣長，陳建仁的南部出身背景，正可為都會性格鮮明的蔡英文連結南部本土選票。
亦且，陳建仁雖家庭政治背景為國民黨的地方派系，但實際上，陳建仁長期和綠營人士往來，對民進黨人並不陌生，且與蔡英文的核心幕僚互動極佳，一直是蔡陣營國內生技產業政策的諮詢顧問，更是蔡英文2016年總統大選生技產業競選政策藍圖的幕後推手。
曾任扁政府衛生署長 穩住SARS疫情
此外，2003年國內SARS疫情發燒，陳建仁以知名公共衛生學者身分臨危受命出任扁政府時代衛生署長職務，溝通協調能力強，是國內少數能統合公衛界及醫界的學者，亦成為第一位非醫師出身的衛生署長，卻穩住SARS疫情，以公衛專業建立極高的社會聲望，也獲得醫界的肯定。陳建仁雖非醫界出身，但過去任職國科會生物處長時，進行流行病學研究的合作夥伴多為重量級臨床醫師，如前台大醫學院院長、中研院院士陳定信、長庚醫院系統的中研院院士廖運範等醫界大老，也讓陳建仁在醫界亦有相當份量，亦有助於蔡英文的選票開拓。 （相關報導： 蔡英文副手人選底定 陳建仁徵詢李遠哲、主教和夫人3方後點頭 ｜ 更多文章 ）
因此，黨內人士直言，陳建仁擔任蔡英文副手，明年蔡、陳2人若順利當選，陳建仁將不僅只是一位具有清流聲望的副總統，也將以其專業，在蔡英文領導的政府團隊中扮演政策擬定、推動協調的重要功能。
