總統馬英九參考1972年《兩德基礎關係條約》，規劃在卸任前再就兩岸關係提出論述。儘管馬英九多年前便在兩岸政策論述中援引兩德經驗，但由於兩德最終走向統一，也曾讓馬英九師法兩德經驗的說法引發終極統一的重大爭議。
馬英九自上任後即致力兩岸和解，在台灣海峽推動兩岸緊急救助合作機制，之後又先後提出東海及南海和平倡議，在東亞週邊海域建構區域性和平架構的藍圖漸次明朗。而不同於東海及南海和平倡議，只能以柔性訴求呼籲相關國家展開對話，馬英九構思中的台海和平倡議，也進一步朝建立安全互信機制邁進。
馬英九在這個思路上發展，以兩德簽署基礎條約的經驗為借鏡；他本人也數度在公開論述中提及，兩岸政策中的「互不承認主權、互不否認治權」，並在此基礎上加強交流等作法，來自兩德經驗的啟發。然而此一思想脈絡，卻數度引起「終極統一」的質疑。
德國媒體解讀 馬英九想借鏡兩德統一
其中最嚴重的一次是2014年9月，馬英九與外籍記者茶敘時再次提及在兩岸政策思維中參考兩德經驗，談話內容即被德國媒體解讀並報導為馬英九坦承願意學習兩德處理雙邊關係，最終實現統一的經驗。
此一報導引發軒然大波，總統府隨即發出緊急澄清，還原馬英九說法為：「德國處理兩個德國的經驗，對於我們處理兩岸關係，也提供了一個相當不錯的參考架構。譬如說，德國人在1972年簽的《兩德基礎關係條約》，以及這個條約背後的理念，就是『一個德意志，兩個國家』，還有『主權』跟『治權』分離，都給我們帶來許多有意義的參考價值。」
而在當時訪談中針對兩岸互設辦事機構的說法，馬英九也強調，檢視1972年《兩德基礎關係條約》，並無使用「主權（Souveränität）」一詞，而是以「統治高權（Hoheitsgewalt）。馬英九在談話中表示，他認為兩德在基礎條約中互相承認對方領土，而不碰觸主權問題是正確的決定。
馬英九:借鏡兩德 並未採取「一德兩國」模式
馬英九當時也強調，兩德簽署基礎條約，並以「條約所載不影響兩德統一」的附函獲得憲法法庭通過，需要精密的操作。他認為，即便借鏡兩德，我方也並未採取「一德兩國」模式，因為這不合於我國憲法，也因此我們採用「一中各表」的說法，並以此推動兩岸關係。 （相關報導： 任期最後8個月…拉近兩岸合作 馬英九提「台海和平倡議」 ｜ 更多文章 ）
事實上，1972年簽訂的《兩德基礎關係條約》（Grundlagenvertrag，the Basis of Relations Agreement）內容，除了馬英九一再強調的相互承認對方擁有「治權（authority to govern）」，但以「統治高權（Hoheitsgewalt）」的概念與傳統「主權（Souveränität,，sovereignty）」概念做出區隔外，還包括兩德互不稱對方為外國、放棄使用武力、承認分裂現狀，尊重雙方政權的獨立自主，並且在互設代表處時使用「永久代表處」而不稱大使館，為未來統一預留空間。而在此共識基礎上，兩德共簽訂了100多項事務性協議，包括郵電、經貿合作、人民互訪、文化交流。
