大覺寺的青苔，是許多人的噩夢，對侯導而言，卻是拍攝打戲的一大功臣。
除了各閣道，我們在京都一波三折借到的寺廟，都用以拍攝節度使府。拍攝期間，面對的是廟方的嚴格監視，寺廟裡幾乎什麼都碰不得，偏偏我們在此有隱娘與使府中軍們的大量打戲，動作劇烈免不了會傷及四周，遭到廟方嚴格禁止。如其中一段打鬥，動作組原本的設計，是隱娘與中軍們打著打著忽地脫身，由庭院直接縱上廊道，廟方說什麼也不同意這個動作設計，原因是，庭院裡打鬥會讓小石子卡在靴底，這樣粗手大腳的跳上廊道，絕對會把質感十足的木地板刮出一道道白痕。（《刺客聶隱娘》全片連結）
差點讓我們拍一半被大覺寺掃地出門的事件，是田季安擲殳（一種長木柄金屬頭的兵器，似矛槍，周代用於車戰，然而殺傷力太差漸被淘汰於實戰中，轉作裝飾性大的侍衛兵器，或象徵軍事指揮權的信物，漢代之後，唯有節度使之類高位者能使用）一場戲，我們借用大覺寺的舞台為節度府露台，田季安持殳奔過露台，一躍下露台的同時朝隱娘擲殳。先不說這場戲，露台下各組工作人員從頭到尾無心工作，人人皆嚴密提防殳會朝自己飛來，保持著一腳踏出準備隨時逃閃的姿態，卻不料露台地板太滑，張震挾殳滑壘過露台，與跑在前頭的小天連環車禍的撞成一團，惹得我們大笑，笑完才知大事不妙，不銳利但仍是堅硬材質的殳頭在露台欄杆劃了兩道很不起眼的擦痕。
先是日本總製片小坂好一似晴天霹靂，呼天搶地著完了完了要被趕出去了，日方製片們也是個個臉色發青，不待收工便列隊去向廟方道歉謝罪去了，廟方反應亦一如預期，動怒揚言趕人，到頭來可憐了昆蟲山本，學生似的寫了悔過書保證絕不再犯，我們才勉強能在大覺寺繼續拍下去，儘管侯導一口咬定這件事自始至終是廟方藉以宣示權威，做做樣子罷了，並無當真趕人的意思。
對於拍攝時老有一個或數個和尚在旁盯場，同仁們大多反感不已，甚至會有些不理性的言語出現，最大的衝突點在青苔。日本寺廟的青苔，多用作草地以替代韓國草皮，事實上，青苔地深碧翠綠，茸軟的質感遠比韓國草好太多，且日式庭院多大樹，青苔對日照的需求比韓國草低，在深邃樹蔭下仍能生長良好。除了青苔地，庭院中稍有年齡的樹木也大多蓋滿了青苔，樹幹裹上一圈綠茸茸分外可愛，而不論是我們借景的哪一間寺廟，對這些青苔都是非常慎惜的，嚴禁我們碰傷刮傷任何一片青苔，亦即我們拍戲，輕微的如女眷們閒步庭院，劇烈的好比隱娘與中軍們打鬥上樹，這些通通都是嚴禁事項—都會刮傷青苔。
對此，很多人大表不滿，甚至仗著言語不通，當著和尚們的面直接開罵：「幾片青苔寶貝成這樣，刮壞了再長就好了啊。日本人真是小氣巴拉！」恰巧侯導路過，把這些人狠狠訓斥了一頓。
「尊重！我們來這裡作客，就要懂得尊重人家！他們說重要就是重要，不要碰就是不要碰，哪怕是青苔也一樣！」侯導厲聲斥責，前面聽得萬般不滿卻孬孬不敢回嗆同事的我，等到侯導幫忙出了口惡氣，暗自叫好。 （相關報導： 《刺客聶隱娘》首支預告曝光 8月28日全台上映 ｜ 更多文章 ）
在大覺寺庭院拍攝隱娘受中軍們包圍打鬥的一場戲，動作部分受到青苔的嚴格限制，設計好的繁複招式因此完全不能用，即便打鬥時再小心謹慎不刮傷青苔，多練幾個take磨也都把青苔磨禿了，這反倒讓侯導終於能藉此調整早該要修改的打戲。侯導對這部片子的打戲定位，打一開始就是「不需要打那麼多」，原因在闡述刺客的成本時提及過，刺客不是武士，不與人纏鬥來回過招的。對武術組的選擇，侯導起初不考慮香港或大陸的武術組，是因為他們已太嫻熟本行了，對任何片子都有一套處理方式，導致不同導演不同主題的片子打起來卻都一模一樣。侯導剛開始中意的是歐美的武術組，認為將西方的武打放進古典中國題材將是很有意思的結合，且不論是考慮過的《神鬼認證》武術指導傑夫﹒依馬達，或《007首部曲：皇家夜總會》的跑酷小組（龐德在馬達加斯加追捕炸彈嫌犯，兩人在工地建築間溜活攀越追逐，想必也是讓人印象深刻的橋段）。這一類的武術組，正是侯導追求的，結結實實滿是物理感的實打實跳，幾乎不用侯導最嫌惡的威牙，惟聯繫、時間與資金之故，最後不得不放棄，仍用大陸的武術組。
