國民黨、民眾黨11月15日進行政黨協商，民眾黨總統參選人柯文哲從一開始堅持全民調，卻在歷經2個半小時談判後，和國民黨妥協，以社會民調和2黨內參民調作為參考計點，柯也同意若在誤差範圍內，由「侯柯配」得1點。原訂於11月18日公布結果，但2黨卻對於民調誤差範圍計算「讓多少」，產生歧見。
馬英九基金會執行長蕭旭岑11月18日上午記者會中，提到針對雙方在民調採樣的歧見，並表示於17日凌晨曾致電給柯文哲，但是柯未接電話；民眾黨代表、求真民調總經理關智宇也對《風傳媒》證實，最後他只能跟柯文哲競選總幹事黃珊珊通話，儘管馬辦認為不行，但因為實在找不到柯，因此關智宇致電給黃珊珊後，雖然聲明做了文字修正，黃珊珊認為依舊無法簽字，這讓外界認為柯營「悔棋翻桌」。究竟18日之前，是誰影響柯文哲改變了決定。
黃珊珊18日坐鎮黨部主張不能簽 甫入黨的黃國昌也與會
黃珊珊在11月18日民眾黨記者會中證實，不能簽字是她的決定，跟任何人都沒有關係，把所有責任攬在自己身上。身為競選總幹事的黃珊珊，是白營「主戰派」的代表，柯文哲與國民黨簽下白營認為的「不平等條約」後，為危機處理，在民調專家會議開始前，就取消原訂行程，前往競選總部開會坐鎮，釐清民調採樣依據等問題，而該場會議中，也有剛加入民眾黨、並排入民眾黨不分區立委名單中的黃國昌參與決策。黃國昌方面向《風傳媒》證實，他有去開會。
藍白兩次政黨協商過程，11月15日召開第一次會談，上午10時柯文哲比國民黨主席朱立倫、國民黨總統參選人侯友宜先抵達位於內湖的馬英九基金會。當時柯文哲從車上走下來時，一臉自信，跟隨柯文哲入內的，還有柯辦主任周榆修、柯辦發言人陳智菡等人。
原訂1個小時的會談，卻直到中午12時半，前總統馬英九、朱立倫、侯友宜、柯文哲才出面接受媒體採訪，但媒體捕捉到陳智菡疑似在拭淚，柯文哲表情也有些許僵硬。原來是當天會談時，朱立倫突然要求所有幕僚退場，直到會談結束後幕僚才能入場，而陳智菡雖然發現了柯文哲已經簽名的6點聲明有問題，連3次質疑「跟我們當時講的不一樣」，但朱立倫當場打斷她說，妳不用再講了，因為4個人都已經同意了，柯文哲在一旁則沉默不語。
柯文哲口頭禪「好啦好啦」易被誤會 坦言下次不再隻身協商
一黨內人士認為，柯文哲的個性屬於需要大量數據和科學資料做決策，若有人輔佐的情況下還可以，但幕僚被請出場，柯文哲在2黨會談中只剩1人在場，他口中「好啦好啦」的口頭禪也容易被誤會，或許最後半推半就簽下了名。柯文哲在18日記者會中稱，下次一定不要一個人跟他們談，因為自己太容易說「好啦好啦」，結果被「誆」了。
柯文哲在藍白6項協議中簽名後，傳出黃珊珊、陳智菡請辭，雖2人雙雙否認，但可見幕僚們對此的不諒解。11月15日柯文哲簽名後，16日柯文哲新住民政策記者會時，坐一旁的黃珊珊不僅晚到，和柯文哲的互動也冷，僅在大合照階段才和柯講幾句話。 （相關報導： 幕後》賴清德票源震動！不分區落空醫界應援團喊卡 基層也要扛「黑十字」上街頭 ｜ 更多文章 ）
16日下午的幕僚線上會議中，柯文哲哽咽落淚，坐在一旁的黃珊珊則掌握著會議節奏，從民眾黨釋出的畫面來看，在柯文哲談及最讓他感動的一句話時，情緒湧上心頭，不知該如何是好時，先是回頭看了黃珊珊，隨後其他與會人員向他喊話加油，黃珊珊也對他說，「我們都會在你身邊，不用擔心，我們打死不會跑，大家加油」。
