5、原先為了特定目的所建的系統或蒐集的資料，在未取得當事人同意下被用於他途，是對人民隱私權及資訊自主權等基本權利之傷害。
6、若允許行政機關單以組織法之法定職務擴張使用目的與資料勾稽，有違大法官釋字第535號解釋字之精神，亦即「行政機關行使職權不能僅憑組織法，而需經作用法授權，方能符合依法行政原則。」
至於最高行政法院則係基於下列之理由，判定人權團體敗訴：
1、健康資料庫之建置於法有據，且符合司法院釋字第630號解釋所定合法要件。
2、健保署對於衛福部提供資料之適法性判斷應類推個資法第16條規定；其中，所提供資料應屬檔案格式轉換，性質為處理而非利用；由於公務機關間之資料流通法無明文，故此應類推個資法第16條有關資料利用之規定。
3、健保署提供之資料並未完全去識別化，雖其蒐集與處理應屬「執行法定職務之必要範圍」且符合具備「重大公益目的」之要件，然仍屬超出原蒐集特定目的外之行為，由於個資法第15條未就此加以規定，故應類推第16條但書規定之檢驗，經查，是些資料確實未達第16條但書所要求完全去識別化達無從識別特定當事人之程度，故此容有繼續檢討之必要。
4、健保署將尚未完全去識別化之資料交付衛福部之行政措施，確實具有重大公益目的，且符合有用性與正當性，至於必要性部分，因係以目的給定為前提，而本案中將資料交給上位機關衛福部，以較宏觀的角度來處理資料，應符合追求高使用效率所追求的給定目的，此時只要能去識別化即無必要性之違反。至於允許退出則將導致取樣偏誤，已非給定目的行政所得採行之行政措施手段。
5、就收受資料之衛福部而言，雖因未能完善處理去識別化，故此後續資料之處理仍有個資法之適用，惟就初步處理後之資料，其利用是否具特定之目的，則可以採較寬鬆之標準為認定，亦即以執行法定職務之必要為範圍。此外，是些資料之蒐集困難且具高度公益性，應儘可能賦予其利用之空間。綜此，除個資法第16條第1項外，亦符合第15條之要求。
6、雖事前同意權與事後排除權係分別存在，但在事實之法律涵攝上，特定主體之排除為手段太過且有礙公益之實踐，除影響科研品質，甚至引發破窗效應導致大量退出，增加資料蒐集成本。故此，不應以退出作為調合法益衝突之平衡點，而是去識別化方屬合理。故此，雖認同應隨蒐集、處理及利用之階段，重行辦理適法性之評估，然健保署的拒絕停止使用或移除，尚未達違反比例原則。
其實，仔細審視雙方之意見，均出自奉行維護人權及依法行政之基本理念，且共同認為必須就個資法之去識別化要求有所遵循，只是對於法律適用之釋義與邏輯及權衡法益之重點與目的性、必要性與比例性等違憲審查之認定，容有不同的見解。然則，在抽象的探討這些假設性問題時，或許利益與風險都可以藉推論之方式為之，然當面臨COVID-19來襲的生死交關，使用這些健保資料所真實呈現的需求與風險疑慮，顯然是可以透過實證用來印證雙方之論點的素材。簡言之，在疫病帶來生死交關之際，我們應如何看待個資法於健保資料蒐集與使用上之限制?究竟是容許適用還是不應使用才是原則呢?
