陸委會前副主委張顯耀洩密案曲折離奇，調查局原以觸犯「外患罪」向高檢署報請指揮偵辦，卻被認為資料不足而踢到鐵板，只好轉向台北地檢署報請指揮。調查局試圖主動拉高案情卻搞烏龍，被外界解讀是為了與廉政署爭功，而連日對外放話的失控行為，以及誤踩將對岸視為外國的「紅線」，都令高層相當錯愕。
調查局原以張顯耀違反《國家機密保護法》洩漏國防以外之秘密罪，及涉犯外患罪章的「違背對外事務委任罪」報請高檢署偵辦，此罪最重可處無期或7年以上徒刑，然而法條構成要件是受政府委任處理「外國政府」事務而違背委任，致生損害中華民國者。
據指出，政府高層始終認為張顯耀僅是涉及洩密，案情嚴重程度並不如外患罪的層級，因此調查局的處理方式令高層相當不滿。黨政人士指出，以外患罪辦張難以成立，反而傷害政府公信力，但慶幸的是高檢署政治敏感度夠高，否則好不容易建立的兩岸關係，恐將因調查局放的這把火而付之一炬。
另有知情人士指出，調查局之所以積極偵辦張案，可能與近半年來辦案績效遠遜於廉政署有關，從葉世文案到黃景泰案，調查局都只有旁觀的份，局長汪忠一在辦大案的績效壓力下，才想藉由張案一舉雪恥。
此外，檢方22日完成分案後，立即對張顯耀及相關嫌疑人等實施入出境管制，要求各機場、海關及海巡單位一旦發現張顯耀企圖離境，必須先行留置並通報北檢決定如何處置。
據了解，調查局國家安全維護處目前已擬好偵辦步驟，並列出一份張顯耀及另3名重要關係人的「約談名單」，而檢方也將以證人身分約談陸委會主委王郁琦。負責調查偵辦的專案小組強調，這次有充分的明確證據，讓張顯耀「無話可說」。
