為搭配108課綱而改變的111年大學考試、招生諸多措施中，「學習歷程檔案」一直深受矚目，也因教育部國教署和大學招聯會遲遲未能一次講清楚，而備受爭議。歸納輿論及教學現場師生的想法，大概有五項關切：
一、升學壓力更大：三個學年的學習歷程中，起碼有五個學期得孜孜不倦，勤做檔案，累積多種成果，負擔相當沉重。
二、上傳系統不穩：從國教署到縣市教育局處的上傳系統在第一年（108學年度）頻頻出錯，迄今還無法掛保證沒問題。
三、審查標準不明：對於什麼是「好」學習歷程，檔案應優先涵蓋哪些內容，各學系審查尺規重點何在，目前的資訊仍然抽象。
四、社經背景凸顯：臺灣的家庭或城鄉社經條件、文化資本的差距其實是在拉大中，多元表現很可能變成「多錢」表現，資源多寡決定成敗。
五、補習風氣更甚：「學習歷程檔案」創造新商機，不少補習班已提供套裝服務，甚至量身打造，志在必得，情節宛如韓劇【天空城堡】。
以上的諸多關切，其實透露出濃濃的憂慮，因此才會出現有學校要求老師必須讓學生交出足量的檔案件數，部分老師為達成績效，竟以記過威脅學生一定要做出成果，而一些學生迫於壓力，只好找人代寫，或尋求補習班的協助。此外，還有不少學生積極報名聽演講、參加營隊，而且一定盡心盡力爭取跟講師拍照、索取簽名，以便充實檔案。部分頂尖大學或熱門科系的大學生、研究生也來分一杯羹，投入規劃相關研習活動或工作坊，儘管所費不貲，高中生或者他們的家長仍趨之若鶩。
在一片慌亂當中，大學招聯會終於在109年12月7日公布大學審查學習歷程的「三重二不」原則，包括：重視基本素養展現的核心能力、重視校內學習活動為主、重視資料真實性及學生自主準備；以及，不是學系所列每個項次都要具備，不是以量取勝，而是重視學習過程的反思等。
就在這樣的時機，或許是為了安撫人心，高教司長進一步強調，面臨新制大學考招的學生仍可選擇像舊制一樣，等到高三下學期才做一次性的努力，彙整上傳全部的備審資料，雖然少了教師認證，但無礙於資料的送審。只是這一強調，立即讓先前費力對學生「提醒兼恐嚇」的學校或教師，瞬間裡外不是人。
「三重二不」原則確實是很好的提示，至少有針對一些較為乖張的現象做出導正、廓清的行動，但原則畢竟是原則，無法滿足師生、家長對於具體細節或重點的渴求。
實際負責審查的大學各校系教授，在先前累積多年的審查經驗中，設法提供了一些建議。首先，他們未必鼓勵大家都寫小論文，也不太會期望高中生做出什麼偉大作品，相反的，如果作品太過完美，將會啟人疑竇，而根據以往經驗，這些作品確實多有「捉刀」、「抄襲」或「過度指導」之嫌。其次，既然稱為「學習歷程檔案」，審查重點應該是：持續改變或進步的紀錄，以及成果完成後的自我回顧與分析。換言之，大學端想看到的主要是學生能否就自己專長的領域逐步發展出「界定及解決問題的態度、觀念與能力」，並能就這樣的學習歷程進行省思、檢討。 （相關報導： 點教育》候用校長竟被如此擺弄？ ｜ 更多文章 ）
曾經認真做過專題探究實作的學生都知道，在這樣的學習過程中通常會產生許多的想法或疑惑，也會遭遇不少的限制或困難，而最後成果的呈現一定不可能涵蓋全部的想法，解決所有的疑惑、克服一切的限制或困難；高中生只要是親力親為，必然清楚自己割捨或限縮（narrow down）了什麼、做好了什麼、做錯了什麼，突破什麼限制，以及如何讓最主要的發現能具體呈現出來，有憑有據、有情有理。
