監察委員黃煌雄2009年9月提案糾正台北市「大巨蛋案」，歷經5年8個月的調查，今天結案存查。他表示，隨著趙藤雄在其他案件的揭露與發展，先天不良的大巨蛋不免令人憂心。
此案的爭端，始自工程會在2005和2006年間3度撤銷台北市政府所提「異議處理結果」，該「異議處理結果」是指北市府不同意大巨蛋之申請人遠雄集團要求變更協力廠商。2006年5月2日工程會第3度撤銷終究導致實質性改變，遠雄成功變更協力廠商。
黃煌雄指出，當時工程會負責審議的兩名委員不具工程專業背景，不只侵害北市府甄審會專業判斷，影響巨蛋案後續計畫發展，有恣意濫權的嚴重違失。而召開甄審會之前，傳出趙藤雄與甄審委員2度餐敘，更使甄審委員的中立客觀受到質疑。
黃煌雄表示，原本應以「巨蛋為主，商業為輔」的體育園區，最後卻變成以「商業為主，巨蛋為輔」綜合園區，使得巨蛋主體「變形」為一個「橢圓蛋」。
黃煌雄歷經5年8個月的堅持，北市府在4月函復監察院，內容指出變更後的巨蛋綜合園區，總計減少的樓地板面積為77745.09平方公尺，市值依履約顧問中興工程顧問公司估算，粗估大巨蛋減少面積的市值與停車場空間，合計153.4億元。
當年黃煌雄提案糾正，卻遭到趙藤雄在各大平面媒體頭版刊登半版抨擊，對監察院行成一股巨大氛圍與壓力。
黃煌雄(余志偉攝)說，這是監委行使職權有史以來，第一次因為一件糾正案，而被涉及的財團，如此公然的指名批判與質疑，遠雄還以陳情人身份企圖影響調查監委的督促與列管，「在內外交煎的考驗下，我們不畏不懼，堅持到底，不但挺住了，也為監察院守住了。」
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