太陽花學運告一段落後，台北市警方開始調查群眾違法案件，學運總指揮林飛帆18日凌晨在臉書張貼寄到台南老家的到案通知書，由台北市中正一分局局長方仰寧發出，以「妨礙公務案」傳喚林飛帆21日到警局接受約談。
面對司法手段，林飛帆強調，這是另一個戰場，一場新的運動！他與夥伴們仍然會全力應戰，且絕不會輸！林飛帆的父親也提醒他：「法律過程中，請不卑不亢、謙卑及從容以對；全家都支持你」短短的隻字片語，道盡家人的支持，也讓網友感動不已。
林飛帆指出，馬英九最天真之處就是認為司法手段會削弱他們，讓行動者困擾，讓猶豫的旁觀者退卻。「但我們很清楚，在這場公民不服從的行動當中，面對司法追訴，我們心裡早已有所準備。」
反對海峽兩岸服務貿易協議黑箱作業的學生團體從3月18日起占領立法院議場，歷時24天，學生在4月10日晚間走出議場，讓太陽花學運暫時告一段落。事後台北地檢署統計，學運領袖林飛帆、陳為廷涉犯妨害公務等罪，分別挨告10件、9件。
