這次監院正副院長提名引起不小風波。民進黨立委以弊案纏身理由反對黃健庭，還上政論節目四處放話；國民黨立委以酬庸及遭監院糾彈理由反對陳萄，還突襲攻佔立院，要癱瘓議會。前者的反對有理，擔任監委必須清廉正直、聲譽卓著；後者的反對部分有理，政治酬庸較不適合必須超越黨派獨立行使職權的監委。但前者的方式符合民主政治，後者的方式違反民主政治：人民選你去議會代表人民（扮演好民選公職角色），你卻破壞議會、議事，自己否定自己職責，聲稱這是「人民不服從」，還呼喚群眾一齊來破壞！
民主政治常被稱為議會政治，因為內閣制民主就是議會民主，總統（首長）制民主也需要和議會共同治理；議會甚至被視為是代表人民的最高機構。連寫出《論自由》經典之作的大師密爾都要再寫出《論議會政治》來與之匹配，議會之重要性及為民主之象徴由此可見。既然如此，任何重大政治社會議題就要在議會討論，才符合民主政治本質。同時，既是議會政治，所有體制內的抗爭也該循議會方式進行，也就是以議事表現，而不是以破壞或否定議會及議事表現。
中華民國在兩蔣時代是標準的一人一黨獨裁，孫中山式五權憲法精神難予發揮（像陶百川那樣「為人權法治呼號」有如鳳毛鱗角）。兩蔣之後，「三權分立」之議大行，憲法也經多次増修，職司古代御史諌官任務的監院隨之改成準司法機關，不再具中央民意機構地位，監院正副院長及監委則改由總統提名，經立院同意任命之，而監委更須「超出黨派以外依據法律獨立行使職權」。
依此民主政治的增修憲法看，總統有提名監委及正副院長的職責，立院有審查暨同意與否的職責，任一方不履行職責都屬違法失職。而過去「朝小野大」下，控制立院的國民黨曾創下杯葛陳水扁總統提名權的惡例，致令監院三年多「開天窗」。馬英九及蔡英文「完全執政」時代，監院任命大多通過，唯獨這次國民黨「異想天開」，藉口反對陳菊任命而突襲攻佔立院，並在議場發言台用油漆噴上「監委酬庸，拒絕背書」字樣，他們行動打出的旗幟也是「德不配位，撤換陳菊」，堅稱不撒換陳菊，絕不退出議場。
誠然，蔡英文提名民進黨籍的陳菊易遭酬庸質疑（馬英九任內兩次提名的監察院長人選王建煊及張博雅都非國民黨籍），提名弊案纏身的黃健庭及曾遭監院彈劾的陳伸賢更不恰當（二人被指出後都已婉謝提名），因為眾所皆知，監委被要求聲譽卓著、清廉正直、超出黨派之外行使職權。
但除了陳菊已宣示將在通過提名後立即退出民進黨，以「超越黨派，公正行使職權」，身為監委最重要的資格還有「正義記錄」，亦即民主自由人權的追求。在這點上，陳菊顯然比王建煊、張博雅更適合監察院長職位，輩分較長的綠營或親綠社運人士也比藍營或親藍人士更適合當監委。因為廿世紀七八O年代至九O年代初很多黨外人士及民主自由主義者都是正義的化身；也是經過他們不懈的努力及犧牲，才有蔣經國李登輝後來的改革。 （相關報導： 風評：不必譏笑國民黨「姿勢」不好 ｜ 更多文章 ）
中山大學校長鄭英耀《該給陳菊一個公道》的投書頗為感人，文中說：投身人權工作五十年的陳菊除了蹲過六年政治黑牢，從未被司法判刑，更從未被彈劾，現在監院也沒有任何高雄市府相關案件在調查。當年廿九歲的她因美麗島事件入獄，得知將受唯一死刑審判，她給台灣人民的遺書寫道「願所有受苦、受縛、被壓迫的人早日得到解放，願我深愛的故鄕台灣的人民早日享有真正公平、平等、自由、民主的生活。雖然我受盡了侮辱欺凌，但我心無恨亦無懼，我深信一切是非、功過，歷史自有公正論斷。」陳菊用一生的力量負重前行，台灣首屆國家人權委員會即將成立，成為監院轉型起點，由她來引領台灣下一階段人權，必能走得堅定而溫暖。
