有學者質疑北市內湖污水處理廠排放出的放流水，造成基隆河污染加重，現卻還要再增加2座污水處理廠，恐會讓基隆河變成「臭水溝」。台北市工務局衛工處副處長程培嘉表示，因為不知道非點源污染水的源頭，所以先截進污水處理廠較為妥當；而北市目前要新建的處理廠，因是三級處理，處理後的水質會比現在好一倍以上。
現行污水處理廠共分為3等級，目前台北市共有2個處理廠，分別是內湖、迪化污水處理廠，2處皆為二級處理。程培嘉說明，現階段二級處理過後的放流水，都有符合中央法規，若要將北市污水處理廠皆升為三級，投入的成本會非常高。
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對於二級處理廠水質的提升，程培嘉說，目前北市污水處理廠是交遊廠商代操作。而現正推動「成效式契約」，以處理的水量跟水質計價，廠商處理多少水量就給多少錢，但若放流水水質較好，給付價錢也會提高；藉此鼓勵廠商盡量透過操作模式的精進，提升處理質量。
程培嘉表示，因污水處理需透過各種參數調整，而以量與質計價，「這是全台的創舉」；至於設備老舊部分，也會透過設備更新讓水質比較穩定。
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