內政部為避免難以預期的衍生性人口，將提高港澳居民來台居留或定居的門檻，由現行投資或存款500萬元提高至1000萬元，此外，也增列留才新規定，我國培育的港澳大學以上畢業生，在台畢業後，只要符合在台居留天數，並達收入門檻，就可以在台申請定居。
根據內政部移民署規定，我國2013年居留許可案件為4624件，定居人數為621件，內政部已修改「香港澳門居民進入台灣地區及居留定居許可辦法」第17條，將申請居留定居之收入門檻，由現行的新台幣500萬元提高至1000萬元。
此外，為加強我國留用人才，在台就讀大學以上的港澳畢業生，經許可居留滿5年，符合每年在台居留183天以上，且最近1年內於台灣月收入超過勞委會公告基本工資1萬9047元的2倍，即3萬8094元，就可以申請定居。修改過去必須返回香港或澳門2年，才能再次申請來台居留的規定。
不過，內政部表示，經檢討我國對其他地區的規定，因親屬關係而申請來台居留定居，均未及於兄弟姊妹或配偶的父母，因此，基於衡平性考量，未來僅限港澳居民的直系血親或配偶在台設有戶籍，才能申請居留。
