前海基會副董事長高孔廉請辭，引爆海陸不和內情。一直在幕後運籌帷幄的陸委會副主委張顯耀，獲層峰信任兼任海基會秘書長，陸委會正式拿下兩岸談判主導權。而為安撫海基會內部對陸委會「進佔」的不滿，高層接受海基會董事長林中森力薦副秘書長馬紹章遞補副董事長席次，海陸妥協意味十足，卻已難以挽回海基會角色弱化的趨勢。
高孔廉於去年向馬英九總統請辭獲准，消息曝光後，高孔廉公開表達「談判團隊應分享資訊」等想法，間接證實海陸不和傳聞。海基會內部當時便傳出，曾為安楚瑜穿梭兩岸、頗受層峰信任的張顯耀，可能在不卸下陸委會副主委職位的情況下接管高孔廉的職權，近兩年陸委會對海基會「形式授權、實質架空」的狀況將因人事安排而體制化。
高孔廉辭職消息曝光近一個月來，由於接替人選一直未宣佈，海、陸兩會私下放話頻頻。海基會內部傳出，近年來陸委會小自公文傳達，大至跨部會協調，經常未循正規形式，對海基會頗不尊重。而陸委會方面，則在近幾個月推動陸委會主委王郁琦出席APEC及訪問中國等重大事件上，完全排除海基會參與，更私下說出「以後都要靠陸委會自己」等語，讓空有多年兩岸交流經驗的海基會人員大感不平。
海、陸不和的消息傳至層峰，讓高層備感困擾。據知情人士透露，高層一開始便思考，為因應未來陸委會與中國國台辦的直接接觸，由負責規劃作業的張顯耀接管海基會談判職權；同時藉此機會整合海陸兩會，以便未來在官方與白手套兩個平台上都由陸委會主導談判，也有利於對國會溝通。
然而在徵詢意見時，林中森不樂見海基會功能快速弱化，擔心因此影響後續談判。到任後一直在會內苦無自己人馬的林中森，在與副總統吳敦義討論之後，力薦與自己配合良好的馬紹章接任。高層在安撫海基會人員情緒的考量下，接受此一建議，馬紹章也以副秘書長身分兼任副董事長。
張顯耀並非陸委會副主委兼任海基會秘書長的首例。海陸人士分析，2004年及2005年便曾由劉德勳及游盈隆先後兼任；但當時由民進黨執政，兩岸兩會協商完全中斷，陸委會副主委出任海基會秘書長職位，中方更不可能願意接觸，因此被北京解讀為台灣政府有意削弱海基會職能，甚至另立白手套機構取代。
海陸人士表示，如今雖然兩會交流不斷，但在下週王張會舉行後，陸委會與國台辦正式成為主談管道，海基會僅存文書驗證、關懷台商，以及代表政府簽署協議等事務性功能，事實上角色已大為削弱，此時再度由陸委會副主委兼任海基會秘書長，正是海基會角色正逐漸淡化的證明。
