立法院二○一八年三讀通過《農田水利會組織通則》，將農田水利會改制為公務機關，會長由政府指派。修法當時引發許多水利會反彈，因此才訂出時任會長延任兩年到今年十月的落日條款。
民進黨目前僅掌握四個水利會
為因應今年十月水利會長改為官派，行政院也通過《農田水利法》草案，明訂未來農田水利會組織規章，現有資產將納入作業基金，並排除《國有財產法》限制，其財產處分將回歸各分基金，不會互相流用。
《農田水利法》本會期將在立法院闖關三讀，一旦水利會長改為官派，影響最大將是藍營在中部與東部派系力量。
民進黨執政後一直想拿下農會與水利會系統，但屢踢鐵板。一七年農會改選，民進黨中央特別成立「農會與農田水利會小組」，找來立委陳明文任召集人。高層對外放話要拿下全國農會三分之一席次，結果還是慘敗。之後還傳出黨內要角為敗選互相指責對方，地方執政多年卻無法收編主政縣市的農會系統。
民進黨在農會選舉鎩羽，種下一八年底九合一選舉大敗的因，高雄市長韓國瑜所向披靡締造「韓流」，雲林張榮味、台中顏清標、高雄王金平等藍營地方派系功不可沒。這次敗選更加深綠營要拿回農漁會、水利會系統，才能扳倒地方派系的想法。
現存十七個水利會，民進黨透過直選陸續拿下桃園、高雄、屏東與宜蘭四個水利會長，唯獨中部不論是農會、水利會系統，民進黨始終攻略不下。
雲林水利會長期由雲林林家把持，原會長林文瑞當選國民黨不分區立委後，農委會才指派曾代表民進黨參選南投縣長的洪國浩代理。
彰化縣水利會仍由親藍勢力掌控，會長呂炉山是「彰化南霸天」縣議長謝典林家族重要夥伴，其灌溉面積以及員工人數排名全國第三。
水利會工程設施經費相當可觀，每年的灌溉及排水工程由政府全額補助。彰化縣民進黨黨部主委邱建富不諱言，改制後對執政黨經營地方甚至選舉都比較有利。過去水利會系統長期傾向國民黨，很多水權、經費、溝渠維修權利都掌握在對手手上。他說，九合一大選國民黨大勝，他們原以為二○年總統、立委選舉也能大贏，到時就可以修法改回來。
掌農會、水利會，花蓮選舉贏一半
至於花蓮水利會，一位長期經營東部地方組織的綠營人士透露，前縣長傅崐萁長期掌握水利會與農會，花蓮水利會加上農會會員人數達五萬多人，一八年花蓮縣長最低當選門檻是七．八萬票，幾乎只要掌握農會、水利會，選舉就贏一半。
上述地方人士指出，現任花蓮縣副縣長蔡運煌就是幫傅家經營地方水利會、農會命脈的關鍵人物。蔡在花蓮水利會任職二十多年，直到一○年被找入花蓮縣府任職。水利會改制官派對他們一定會有影響，但與北部一些有錢的水利會相較，像是三星、瑠公圳擁上億資產等，花東的水利會都很窮，基層還比較希望政府接管幫忙填補虧損。
相較掌握農會系統有信用銀行的小金庫可供派系運用，政府接收水利會，能否真正動搖地方根基還有待觀察。
自治團體改制公務機關，藍委要提釋憲
國民黨籍立委林文瑞指出，農田水利會改制為公務機關，攸關全國17個地方水利會農民資產、員工權益，他將邀集所有農田水利會會長，包括4個民進黨掌控的水利會，研商因應意見，並到立院聽證請願或抗議，不排除提出釋憲聲請。
林文瑞過去是全國農田水利會聯合會會長。他說，水利會資產早期都來自農民所捐的私人土地，職員工生計也都自給自足，政府一紙法令就要收歸為公產，「我們沒辦法完全順政府的意」。
他指出，台北、台中、桃園等都會型農田水利會受衝擊更大。林文瑞說，4月10日上午，前桃園水利會長黃金春還打電話給他，表達反對改制立場。黃金春姪子是民進黨立委黃世杰，黃世杰則澄清，父親黃金德是現任桃園農田水利會總幹事，黃金春也是民進黨籍，但只是宗親。
黃世杰認為改制最高原則是保障農民用水權、提升用水效率、土地資產是否受到損害及職工權益有無保障，他希望農委會對這些核心問題給農民一個交代。在會員還有疑慮時，農委會至少要再舉辦幾十場的地方說明會或座談會，告訴全國一百多萬水利會會員為什麼要改。特別是涉及農民財產，目前還有違憲疑慮，農委會要特別慎重。 （相關報導： 每年補助水利會20幾億卻弊案頻傳 農委會要求工程取得專業技師簽證 ｜ 更多文章 ）
黃世杰說，畢竟水利會一直以來就是自治團體，自己選管理員，多年來並沒有什麼問題，因此推動改制一定要獲得多數會員農民的認同。（李順德）
