立法院在1月10日三讀通過爭論多時的「國家中山科學研究院設置條例」，將中科院行政法人化，依法中科院設董事會，董事長由國防部長兼任。由於法規鬆綁，中科院可設子公司，邀請歐美國防工業公司以技術入股子公司，引進所需的技術與設備，中科院將成為國防部的「鐽震公司」。據指出，參與海軍獵雷艦案的國外廠商，已著手與中科院人員洽談技術合作事宜，希望未來將維修船艦戰鬥系統能量建立在中科院成立的子公司，而不是一般的民間廠商。
國防部掌握主控權 監督保防安全
中科院轉型行政法人，因涉及國防科技、武器裝備研發及生產銷售，朝野立委憂心法人化後有國防機密管控問題，因而此案遲遲無法通過，三讀通過的版本規範有關銷售、科技合作、技術轉移及技術服務都適用國家機密，因此中科院的保防安全工作還是由國防部負責監督與執行。
至於中科院的主導權，規範設董事會，置董事11到15人，其中董事長由國防部長兼任，國防部長、經濟部次長與國科會副主委為當然董事，官派國防科技學者專家佔董事人數2/3，民間企管等人士則不能超過董事人數的1/3，董事需報請行政院聘任，因此中科院的主控權還是國防部全權掌握。
政府出資設子公司 外商技術入股
據指出，中科院法人化最大的改變，因法令鬆綁，將在外設立子公司，經行政院核准後，資金由政府投資，國外廠商就可以用技術轉移入股來成為股東，未來有助於從國外引進所需要的國防技術。另外，也可將美國對台軍售案的國防工業互惠額度（Offset）納入其中，例如向美採購愛國者飛彈，美製造商雷神公司一度規劃將檢整維修裝備，以工業互惠額度方式在台設置，但美方不放心將具機敏的設備放置在民間公司而作罷。因中科院受國家機密管制，又可用入股方式與國外廠商洽談技術轉移，有助台美軍售案的工業互惠額度的運用。
軍方人士透露，海軍進行的「康平二階段」獵雷艦案，負責艦上戰鬥系統的歐洲廠商，已經與中科院內部洽談技術轉移事宜，若進展順利，未來歐洲廠商考慮以技術入股參與中科院在外設立的子公司，由該子公司負責有關獵雷艦系統的維修工作。
