日本《產經新聞》連載《李登輝秘錄》11日報導，前總統李登輝1999年7月9日接受德媒採訪時提出「兩國論」，未事先知會美國，美國擔心李登輝這項發言會誘使中國對台動武。
《產經新聞》連載的《李登輝秘錄》11日刊載第7部〈寧靜的民主革命〉第一篇，內容提到李登輝1999年7月9日接受《德國之聲》專訪，他被問到台灣與中國的關係時說出是「特殊的國與國關係」。
在這之前，兩岸關係以互不隸屬的兩個「政治實體」這個抽象語詞來形容，李登輝的發言更進一步說成「國家」。這項發言後來被稱為「兩國論」，在國際社會引起很大的波瀾。
《產經新聞》獨家取得台灣的機密資料報導，李登輝發言內容事先沒有知會美國政府。
在李登輝發言隔天上午，美國在台協會（AIT）理事主席卜睿哲（Richard Bush）致電駐美代表處詢問詳情，但缺乏資訊的台灣官方人士苦於說明，表示「兩岸類似東西德統一前的狀況，一個民族有兩個國家，政策並沒變更」。之後，看來美方似乎未能苟同台灣方面的說法。
報導說，當時的美國民主黨籍總統柯林頓（Bill Clinton）政府推動親中政策，擔心李登輝的「兩國論」會誘使中國對台動武。
為何提兩國論？李登輝：非說不可，一直在伺機說出
《產經》曾在專訪李登輝時問到為何突然公布「兩國論」，李登輝答：「非說不可的事，一直在伺機說出。」他表示，在卸任總統之前，希望台灣作為國家，能在國際法上的定位更明確。
曾輔佐李登輝、身為國策顧問，當過兩岸密使的曾永賢接受《產經》專訪時透露了「兩國論」的背景。
曾永賢透露，原本私下準備，預定1999年10月10日國慶演說公布，但獲得機密情報得知中國在同年10月1日（中國國慶）將對外宣布要開始與台灣進行統一談判，所以他建議李登輝，須先下手為強。
報導說，1999年是中華人民共和國建國50周年，1997年香港回歸中國實施「一國兩制」，中國企圖以這項模式套用在台灣身上以加速統一，但李登輝、曾永賢清楚「一國兩制」是幌子，應先發制人。
產經：蔡英文將兩岸關係定位為「特殊的國與國關係」
《產經》引述《自由時報》記者鄒景雯著作《李登輝執政告白實錄》內容指出，將卸任總統一職的李登輝為了讓兩岸關係的定位能更進一步釐清，1998年找來當時是國際法學者的總統蔡英文率領團隊研究，於1999年5月彙整報告，得出「兩岸至少是特殊的國與國關係」這一結論。
《產經》指出，國民黨政府於1947年制訂中華民國憲法，規定這部憲法適用於包含中國大陸的廣大領土，但是李登輝政府1991年以後修憲，將適用範圍限於台灣，加上1996年實施總統直接民選，以此為據，蔡英文將兩岸關係定位為「特殊的國與國關係」。
李登輝：中國與台灣不同於東西德，無統一必要
李登輝對《產經》透露，當年之所以選擇在接受《德國之聲》專訪時說出兩國論，主要是他想說出，中國與台灣不同於東西德那樣的分裂國家，沒有統一的必要。
李登輝認為中國主權不及於台灣、台灣主權也不及於中國。但是，在歷史上台灣所稱的「中華民國」是1912年1月在南京成立的，所以加上「特殊」一詞。
「兩國論」導致兩岸言詞交鋒、軍事關係緊張，後來因為1999年9月21日凌晨發生了死傷人數逾萬人的九二一大地震，兩岸緊張關係因此平息，這場大地震災情慘重，連中國原本在同年10月想祭出「一國兩制」統戰台灣的工作也只好收手。 （相關報導： 日學者警告：中共恐使出殺手鐧，暗殺在野總統候選人 蔡英文這麼回應⋯ ｜ 更多文章 ）
這篇報導文末指出，目前香港在中國共產黨政權的指示下，持續以強權鎮壓反政府示威運動的參加人士，踐踏人權，原本受到保障的「一國兩制」正瀕臨瓦解的危機。在台灣，明年1月將舉行總統大選，李登輝在今年10月19日已表態支持蔡英文連任。
