在轉型正義大旗下，還有多少學者對「民國史」有研究的興趣？這個問題確實難以回答，但涉及學術研究和學術自由，一個學者都不能落掉！就這麼在政黨輪替後，一個本來沒太大聲音的冷單位─國史館，鬧出好大動靜。學者連署表達不滿、直接上書蔡英文總統要求解決、勞動總統府親自主持「解密」協調會…。問題是，為什麼政黨輪替前沒這個問題？
事情的源起是在現任館長吳密察到任後，於8月1日頒布了「國史館館藏檔案史料開放應用要點」，最重要的規範是陸港澳學者調閱館藏檔案受到限制，簡單講就是不能借了，這讓學界大為驚愕，總不能連學術研究都有統獨之分、內外之別？旋即展開連署活動，舉辦公聽會，寫信給吳密察，繼而再寫信給蔡英文，總統府因而出面召開協調會，但仍未解決問題。
蔡政府上任第一把火 限制陸港澳人士借閱？
國史館的解釋是，「兩蔣檔案」從來未曾關閉，一直提供各界應用，包括線上閱覽檔案、到館閱覽檔案及申請應用檔案3種方式。至於3種閱覽方式則依政府資訊公開法、檔案法等規範辦理。最重要的，根據國家機密保護法規定，儘管自動解密年限最長為30年，但第12條有除外條款：「涉及國家安全情報來源或管道之國家機密，應永久保密。」換言之，所有被政府列為機密檔者，無法一概年限到就自動解密，還需要「原機關」逐件檢視，確定沒有永久保密必要者，才能適用30年解密的條款。
面對學界的質疑聲浪，吳密察表示，國家法令在前，他只是要做到「依法行政」讓制度有所遵循，但是，國事如麻，成千上萬的檔案要各機關一一重新為國史館做「解密鑑定」，他臉色尷尬的說，「確實為難，大家都公務繁忙啊。」國史館人員相視無言，問他們「為什麼前政府沒這困擾」？她們低聲回答，「以前沒這麼做？」為什麼以前不要原機關重新檢視該否解密？又是一抹尷尬的淺笑，只差沒衝出口：因為沒人理他們！這一次，如果不是總統府出面開協調會，國史館欲期在明年四月前公開上線的檔案大概依舊遙遙無期。
解密權限不在國史館 而「各機關」沒空理
吳密察坦言，很多人以為檔案送國史館後，要不要解密，權限在國史館，但是錯了，行政院早在2006年就有明確函釋，「國史館係檔案存放而非承受業務之機關，因此無機密等級註銷之權。」他反問，「那我該怎麼辦？」
事實上， 國史館自8月起啟動清查上網作業，蔣中正總統檔案也已有部分完成開放線上閱覽。8月底開始進行蔣中正總統檔案清查，待清理的檔案多達26萬件，估計12月底即可完成清查，上網5萬件，明年4月應該完成開放線上閱覽，屆時，不分台陸港澳或國際人士，都可直接上網。明年則持續辦理蔣經國、嚴家淦總統、和陳誠統等已數位化檔案清查，也會分批辦理上網作業。 （相關報導： 批國史館新制箝制學術自由，歷史學者聯名致信吳密察 ｜ 更多文章 ）
至於為什麼一定要曠日費時地重新檢視遠遠超過30年的檔案，國史館的解釋是，處理舊有檔案曠日費時的原因可分為兩個層次，首先須確認是否為密件，若為密件，則須由原機關重新檢視是否解密；再者，不論是否為密件，只要涉及個資或隱私權，都必須逐一遮蔽後才能開放，「儘管當事人都已經是離世的『歷史人物』，但難免猶有後人在，不論是地址、病歷、甚至死亡之法醫鑑定等等，還是要慎重。」
