中研院院長廖俊智22日赴立法院進行業務報告，國民黨立委蔣乃辛表示，他本來不想質詢廖俊智，因為就《中研院組織法》規定，院長若因請辭出缺，中研院應該是要重新遴選而非提早接任，照這個時間點廖俊智還不具院長身分，認為廖上任有瑕疵。對此，廖俊智說明，他是「被動參選」，遴選過程與他無關，前總統馬英九也向他解釋過，是「於法尚無不合」；綠委何欣純也出面緩頰，她指出，她翻過遴選辦法，裡面沒有任何一條指出中研院長應該要從幾月幾日才能接任，「翁辭了，馬也核了，這樣並無違法啊」。
前中研院院長翁啟惠日前因為浩鼎案風暴，向前總統馬英九2度請辭，第2次獲准。根據中研院對於院長的遴選制度規定，當現任院長請辭獲准之後，中研院會根據《中央研究院院長遴選辦法》第2條規定，組成院長遴選委員會進行遴選事宜。
蔣乃辛認為廖俊智10月19日才該接任院長
立委蔣乃辛質疑，前院長翁啟惠雖然提早請辭，但他原本的任期就是到今年10月18日，就算根據遴選辦法選出院長，也應該是10月19日才能接任，所以他本來不想要上台質詢廖俊智，因為他認為廖在這個時間點不該是院長，昨日也不該上任，認為整個中研院長提前上任有瑕疵，廖俊智應該要想辦法了解並修補，維護院長的尊嚴。
對此，廖俊智先是再三表示，中研院院長是由總統任命，他尊重總統府的決策，而這個問題前總統馬英九也有召集專家向他解釋過，是「於法尚無不合」。面對蔣乃辛的不斷提問，廖俊智也自爆，原本曾向遴選委員會表達，美國還有一些事情要處理，希望延後上任時間，至少延至2017年初，但委員會希望他能在10月17日就接，不過後來因為發生很多事情（浩鼎案），「總統府希望我馬上接」。
何欣純：沒有規定院長該幾月幾日上任
綠委何欣純也跳出來為廖俊智緩頰，她說，她為了解整個院長的遴選過程，她把遴選辦法與母法《中研院組織法》翻了一遍，發現裡面根本沒有任何一項法條規定中研院長應該要從幾月幾日上任，她向中研院副院長王瑜詢問，這樣的任期（廖俊智提早上任）有沒有瑕疵？
王瑜回應，其實院長的任期制是在前院長李遠哲任內修改的，過去為終身制，現在只有規定院長的任期是5年，沒有明定指出就任和卸任的時間；何欣純提問，既然沒有明定在法源裡，那廖院長的遴選有無任何問題？王瑜表示，沒有問題。
若院長有意連任卻沒過該如何？中研院副院長：確實沒有特別規範
綠委鍾佳濱還指出，前院長翁啟惠因為連任院長，任期本該於今年10月屆滿，而根據規定，院長遴選委員會會於院長任期屆滿的前1年啟動遴選機制，卻又碰到翁院長自動請辭後的同項法條不同款的遴選機制，當這2個機制產生競合問題時，中研院如何處理？王瑜只含糊地指出會趕快著手；鍾佳濱再問，若院長第一任期滿有意連任，採用類似過半同意交送評議會的方式，最後卻沒有通過的話又該怎麼樣？王瑜說，的確對於續任沒有特別指出要如何做，這點應該要特別看待。
