馬英九基金會近期陷入「家變」風波，前執行長蕭旭岑、王光慈遭到切割。最新發展指出，馬英九基金會於 3 月 27 日召開董事會，通過組成專案小組，查證蕭、王兩人「違反財政紀律」的真實性，事件持續延燒。由於該基金會是近年來組織兩岸青年學子交流的第一品牌，外界憂心，隨著內部出現變故，未來兩岸青年交流的最後一扇門，是否也將隨之關閉？
馬英九卸任總統後成立基金會，近年積極辦理「大九學堂」，不僅安排台灣學生赴陸參訪，更成功於 2023 年、2024 年兩度邀請陸生團訪台。在兩岸關係動盪的當下，基金會組織的兩岸學生交流，可說是維繫著所剩不多的兩岸互動。此外，馬英九個人與大陸領導人習近平的往來（包括 2024 年北京「馬習二會」），更是台海穩定的「壓艙石」。
