中研院院長翁啟惠25日上午8時赴總統府，再就浩鼎案向馬英九總統報告。翁啟惠雖再度表達歉意，但未再請辭，僅表示願意配合提前辦理交接。馬英九表示，翁啟惠的決定，恐與外界期待有所落差，希望他能再慎重考慮。
總統府發言人陳以信25日表示，翁啟惠上午8時入府向馬英九報告，會議時間約1小時。翁啟惠向馬英九呈遞1份信函說明立場，重申絕無內線交易、操弄股價，更無賤賣中研院技術或貪瀆。
據總統府徵得翁啟惠同意公布的信件內容，翁啟惠在信中表示，中研院3位院長候選人已順利選出，但院長遴選過程與結果意外發生外界之諸多紛擾，他若此時請辭，不但造成人事極大動盪，也引起國際關切，甚而影響我國際聲譽。
翁啟惠向馬英九表示，若總統同意，他將自即日起授權副院長處理中研院重要行政，並檢討既有倫理規範及所有與他有利害衝突之事項。
翁啟惠表示，他十多年前回國後，一直盡心盡力協助台灣科學研究與生技發展，如醣分子科學及醣蛋白在醫學上之應用等領域，台灣已居世界領先地位；若新院長能及早確認，他願配合提前辦理交接；在此期間，他也會全力配合調查、釐清真相，並爭取職個人之清白。
陳以信轉述馬、翁2人會談指出，翁啟惠並未在會中向馬英九請辭，僅表示願意配合提前辦理交接；但馬英九強調，此事茲事體大，涉及最高學術機構中研院的聲譽，翁啟惠的決定恐與外界期待有所落差，希望他能再慎重考慮。
