長榮集團旗下的控股公司長榮國際，最近爆發股權之爭，張榮發在世時捐贈成立之「張榮發基金會」與「張榮發慈善基金會」，竟成為張家兄弟股權角力的戰場。由於長榮國際是長榮海運第三大股東（持股比率6.23%），長榮航空第二大股東（持股比率12.17%），外界赫然發現，持有長榮國際34%股權的「張榮發基金會」與「張榮發慈善基金會」，儼然為長榮集團的控股機構。張榮發家族把基金會經營權鬧上法院，和去年新光紡織股東會，新光人壽疑似規避《保險法》壽險業不得參與被投資公司董監事改選之規定，利用盤後鉅額交易，將新紡股票轉手給新光醫院，由新光醫院「白手套」參與新紡董監事改選投票。
國內企業財團透過捐助成立財團法人，將財團法人成為集團控股機構，長期以來，已遭到外界諸多詬病，沒想到，今年2月正式上路的《財團法人法》，法務部竟然還為財團法人廣開善門，逕行將《財團法人法》第19條「單一企業持股不得逾5%」規定，逕行解釋為「不溯及既往」。
不溯及既往！財團法人控股「馬照跑，舞照跳」
教育部官員表示，根據《教育部審查教育事務財團法人設立許可及監督要點》，教育財團法人得於安全可靠之原則下，經董事會同意在財產總額2分之1額度內，轉為有助增加財源之投資；但該監督要點原本的法源依據為《民法》，在《財團法人法》今年2月正式上路後，教育財團法人投資的相關規定，必須配合《財團法人法》的上路，重新訂定監督要點，因此教育部已對原監督要點，進行公告廢止程序。換言之，未來新設立之財團法人，已經無法將財產總額2分之1額度內進行投資。
不過，教育部官員表示，由於法務部日前已正式發函解釋，《財團法人法》第19條「單一企業持股不得逾5%」規定，將「不溯及既往」，因此，對於已經完成股權投資，投資單一企業持股逾5%、持股比率「超標」之財團法人，新的監督要點僅要求「不得增加持股比率」。官員表示，之所以發布「不溯及既往」解釋，主要係因為持股比率「超標」的財團法人反彈導致。
法務部將《財團法人法》第19條，逕行解釋為「不溯及既往」，等於讓過去幾十年，藉由醫院、私校、教育公益慈善財團法人控股的家族企業，鬆了一口氣，財團法人控股在新法上路後「馬照跑，舞照跳」。
張榮發基金會爆發經營權之爭 教育部看新聞才知道
財團法人控股現象，不僅在台塑集團創辦人王永慶過世後，長庚醫院董事會成為台塑王家二房、三房所角逐標的，同樣的情況，最近又在張榮發基金會再度重演。根據證交所公開資訊觀測站，張榮發基金會與張榮發慈善基金會，持有長榮國際近34%股權，長榮國際除了持有長榮海運與長榮航空股權外，也持有長榮國際儲運（榮運）8.45%股權，以及長榮鋼鐵逾3成股權。2家基金會儼然成為張榮發家族最大控股機構。
