2011年胡為真擔任國安會秘書長任內，兩岸首度執行換俘的秘密談判，台灣由國安局督察處長侯水源率同軍情局的人員赴新加坡，與中國國安部人員談判，結果因中方獅子大開口要我方道歉，保證不再對中國做諜報派遣，並裁撤軍情局，最終我方無法接受而破局。
據指出，兩岸首次的換俘談判，就是針對軍情局在2006年5月底遭中國國安部在越南、廣西邊境逮捕的軍情局四處前副處長朱恭訓及徐章國，當時在胡為真授權下，國安會成立專案小組，由時任國安局長蔡得勝指定督察處長侯水源出面與中方談判，接觸地點是由中方指定，馬來西亞、新加坡都有交涉過，最後決定在新加坡做為兩岸換俘的交涉地點。
在談判中，針對台灣派出朱恭訓及徐章國2名諜報人員到中國的行動，中方提出必須由政府部門擬1份具有代表性的道歉信，向中國政府表達認錯之意，另外，也要求台灣政府必須具體保證不再對中國大陸做諜報派遣，並裁撤軍情局，而這樣的條件我方無法接受。
中方否認 指因台灣代表誠意不足
國安人士指出，談判後，朱恭訓的弟弟朱恭誥在赴廣西探視哥哥時，曾親口向國安部人員查證，中方是否曾提出要求台灣裁撤軍情局為條件，才願意釋放朱恭訓？對方斬釘截鐵表示，雙方確實有接觸，中方不會提出這樣的條件，因為台灣不可能裁撤軍情局，雙方談不攏，純粹是中方認為台灣主談判的代表（侯水源）誠意不足而無法談判下去。
