日本外相對我1124九合一大選時通過反核食公投這樣高漲的民意，非常有意見，11月29日河野太郎不但表示了「極為遺憾」，更不排除向世界貿易組織（WTO）提出爭端解決程序等措施。這當然是日本的權利，也是外交手段。然而，對於這個外交緊張情勢的處理，我駐日代表謝長廷在第一時間的反應是，「這都是人民公投，我們要尊重，整個人民對這個後果大家共同承擔。」（謝代表的意思好像是說：反核食公投是你們要過的，日本一定會有這樣的反應，後果會如何？大家一起來承擔。別說我沒有警告過你們哦！）
謝代表還說，「民主政治就是這樣，謹慎去投，結果大家共同承擔，有問題共同解決，駐日代表處會全力以赴，配合政策來解決問題。」看起來好像很尊重全民公投的結果。外交部也針對了日本的反應提出了3點說明：（1）我國為民主法治國家，政府尊重人民依法行使公民投票權利所做的決定，並將依公投結果及相關法令進行整體評估及檢討。 （2）對於是否放寬日本食品進口管制議題，外交部一貫立場是在確保國人食品安全的前提下，依據國際基準、WTO規範及科學數據妥善處理，並尊重食安主管機關所做的專業判斷。（3）有關公投結果及日方今後可能採取的作為，外交部將與日方進一步懇切溝通，謹慎處理，以尋求日方理解，避免影響台日關係。（做第一線溝通的，好像應該是謝代表，他說了會配合政策、全力以赴，來解決問題）
儘管如此，12月7日日本外相重申，不排除向WTO提告，並提到台灣希望加入「跨太平洋夥伴全面進展協定」（CPTPP），「因為這樣的事態而變得無法加入，非常遺憾」。顯然是以「威脅」的意味來逼我方就範。對此，謝代表的說法是，北京一直都反對我加入CPTPP，我外交部一直都在努力說服各成員國，如今反食案通過，會讓反對者有藉口來反駁我國自由貿易已達到水準。其次，比較我與南韓處理方式，首爾可以不甩日本，因為南韓無求於日本，可是我方有很多事需要日本協助，像爭取加入CPTPP、希望日本在世衛WHA等國際組織為我發聲，對我將是大損失。所以呢？……（原來謝代表的全力以赴，就是告訴我們日本對台灣有多麼多麼重要，台灣有求於日本，若是因為反核食而「得罪」日本，實在是大損失。謝代表那應該在第一線代表台灣向日本折衝，爭取日方理解的任務，好像沒有看到。反倒是在說服國人不要執行「反核食」的意味比較濃！） （相關報導： 風評：中選會使的不是奧步，是蠢到爆的笨招 ｜ 更多文章 ）
對於台日緊張情勢的發展，台灣日本協會會長邱義仁，根本不願意接受訪問，避談此事；外交部呢？還沒有對日本的新動作有所回應。問題是日方態度是步步進逼，明顯地有「干涉我內政」的嫌疑，但是，在第一時間我方駐日代表與外交部並未在這一點上據據理力爭，謝代表反而表明台灣有求於日本，若是堅持反核食進口到台灣，很有可能會損及台日關係，而我方未來在國際外交空間上的發展也會因為日本不願聲援而受到更多打擊！這就是他所說的「後果全民共同承擔」！這就是我們的駐日代表，從上任之後到現在為止都是採取這樣「幫日本說話」的角色，這樣的「助日代表」，當然很難在台日漁業談判上幫我漁民爭取到應得的權益， 更不用提沖之鳥礁、釣魚台列嶼的領土問題爭議，謝代表早就「心有定見」了！自然對台灣高漲的公投民意，口口聲聲表示尊重，卻是用了很多「威脅」的語氣來「提醒」全民。
