台北市長柯文哲10日表示，台北市廉政透明委員會（廉委會）完全獨立辦案，絕非「黑機關」。至於大巨蛋案，他雖然對報告書內容興趣不大，但仍然會讀一讀。柯文哲並強調，法律問題就以法律處理，依法行政。
北市廉委會日前針對遠雄大巨蛋案，建議北市府將曾任台北市長的總統馬英九、前台北市財政局長李述德移送法務部，引起馬英九不滿，痛批此舉是「政治迫害」，前台北市長郝龍斌也批評柯文哲利用政黨色彩明顯的「黑機關」清算前朝、搞政治鬥爭，令人不齒。
而柯文哲10日出席母親節紀念活動時，也被問及廉委會移送馬、李，是否有變成「黑機關」嫌疑？對此，柯文哲表示，廉委會真的是獨立辦案，裡面從深藍到深綠的人都有，且採取合議制，希望外界不要想太多。
柯文哲並強調，廉委會並非黑機關，只是郝龍斌時代的「廉政肅貪中心」衍伸出來的單位，差別只是增加府外委員，而且委員需要簽一些公約和規範而已。
對於大巨蛋案，柯文哲表示，雖然他對大巨蛋的報告書實在沒什麼興趣，還是會回去讀一讀，但是法律問題仍然由法律處理。 （相關報導： 總統府痛批北市廉委會政治迫害 ｜ 更多文章 ）
至於外界質疑，廉委會沒有找馬英九和李述德說明，恐有法理證據不足的問題，柯文哲表示，的確應該找馬、李兩人說明機會，但就算找了，兩人願意來嗎？柯文哲說，若兩人不願出面說明，他會詢問法律專業意見；至於是否移送兩人以及其他細節，他也會徵詢法務局和財政局意見再下決定。
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