特偵組曾於2009年調查陳水扁政府時期的「安亞專案」，並以貪污罪起訴國安會前秘書長邱義仁與外交部前次長高英茂，但最終無罪定讞。監察委員陳師孟今（14）日表示，將針對當時特偵組是否因政黨輪替後為求功心切，違反偵查不公開原則、觸犯《國家機密保護法》、甚至是濫權羈押與起訴等情事，進行調查。
2003年外交部與總統府國安會為鞏固我國於「世界貿易組織」（WTO）的相關權益，避免於國際遭矮化，由時任國安會秘書長邱義仁主導執行機密外交「安亞專案」。不過特偵組在2009年，指控國安會前秘書長邱義仁與外交部前次長高英茂，利用執行機密外交「安亞專案」名義，詐領經費50萬美元，並依違反《貪污治罪條例》將邱、高等人提起公訴，不過最後以無罪定讞。
陳師孟表示，特偵組明知該案情屬極機密範疇，卻認為邱義仁與高英茂詐騙公款、捏造此案，且儘管證人與證據均對嫌疑人有利，最終仍以「貪污罪」聲押邱義仁，並起訴邱、高兩人。此外，特偵組於偵查期間，疑似還將實質案情及偵查結果屢屢外洩於媒體，造成輿論審判。
陳師孟表示，為瞭解特偵組相關人員當時是否違反偵查不公開原則與觸犯《國家機密保護法》，是否於政黨輪替後因求功心切，罔顧台灣的國家利益與國際處境，以及有無濫權羈押、起訴等情事，已申請自動調查。
