中華民國當年在聯合國代表權問題，居然是甘迺迪總統生前一個大煩惱，甘迺迪原本主張運用兩個中國，讓中國大陸可以進入聯合國，但是他在1961年就任總統不久，深思熟慮後認為他在大選勝選幅度非常小，推動兩個中國，會讓他被共和黨修理，造成內部分裂，他不准幕僚部屬推動兩個中國政策。這一年的聯合國大會又因為茅利塔尼亞入聯案，糾纏上外蒙入聯案，使得中華民國處境尷尬，若否決外蒙，蘇聯就否決茅利塔尼亞入聯，甘迺迪力勸國府不要動用否決權，雙方意見往返多次，蔣中正最終換到了甘迺迪保證，若中共入聯，美國將採取否決權阻擋，這才使國府改弦更張。
甘迺迪政府的國務卿魯斯克在他的 「政壇見聞錄」（As I saw it）書中透露，他曾在1961年5月，與甘迺迪總統進行過長時間私人會談，主題是中國問題。根據魯斯克的說法，他問甘迺迪，國務院是否有需要研究調整中國政策的可能。兩人討論出了某些方案，就是承認兩個中國，所謂的兩個中國策略，在幕後調解北京與台北，默默地努力，然後靜待情勢的發展。
魯斯克說，他與甘迺迪都同意，美國的中國政策，在他們就任總統的那時，甚至可說很多年以來，都沒有反應亞洲的現實。然而，在提到中國在聯合國的代表權問題時，魯斯克表示，毫無意外地，甘迺迪排除中國政策任何改變的可能，因為甘迺迪在11月（1960年大選）選舉只以些微差距獲勝，甘迺迪認為是伊利諾州的庫克郡獲勝讓他勝選，甘迺迪覺得自己沒有獲得美國人強力的授權，因此對於每場戰役，甘迺迪都非常謹慎選擇議題，任何關於中國政策的改變，都會面臨一場激烈的戰役。在艾森豪總統卸任前，艾森豪告訴甘迺迪，雖然一般來說，他會支持甘迺迪的外交政策，但是他強烈反對任何新政府承認北京，以及允許中國大陸進入聯合國的企圖。
而且美國與北京的接觸，並沒有具體成果，簡而言之，中共對於改善中美關係似乎興趣不大，至於甘迺迪所關切的更符合現實的中國政策，就變成了以後再談，不急於一時。甘迺迪顧忌這個議題會造成國會與人民的分裂，他認為一個更符合現實的中國政策的潛在利益，並不足以讓他冒著嚴厲的政治對立的風險。他如果這樣做，就會被共和黨的中國遊說團，以及許多國會議員嚴厲批評，我們若要執行兩個中國政策，將會非常困難。
魯斯克認同甘迺迪的理由與結論，他也讓甘迺迪知道他的看法。當他要離開總統辦公室時，甘迺迪提醒他，不希望在華盛頓郵報與紐約時報上面，讀到國務院正在思考改變我們的中國政策。他回到國務院時，史蒂文森（美國駐聯合國大使），鮑爾斯（國務次卿）與其他人來與他討論中國問題，尤其是他們希望在聯合國推動兩個中國，他扮演了老頑固的角色，阻止他們。他沒有告訴他們，他與甘迺迪總統的談話，因為他們會對華盛頓時報與紐約時報洩漏這個新聞。他也沒有進行任何新的中國政策的研究，在經常洩密的甘迺迪政府當中，即使只是這樣，都會被媒體知道。 （相關報導： 高靖觀點：1950年代美國積極介入台灣內政 ｜ 更多文章 ）
儘管根據魯斯克的描述，甘迺迪有關兩個中國的想法，僅僅只是短暫的，但是因為當時美國考慮給台獨份子廖文毅入境簽證，又準備與外蒙古發展外交關係，都引起國府強烈的猜疑。尤其國府與共和黨艾森豪政府穩定接觸了八年，現在又換回到過去對國府非常不友善的民主黨政府，國府上下都對美國新政府有些摸不透關係。
