因應敵情威脅嚴峻，亦軍亦警的海巡署，整體角色日趨吃重，包括新造的600噸級巡防艦「安平艦」等新銳艦船，都被視為海巡正朝「第二海軍」方向發展的訊號，然而戰時責任歸屬及日常訓練規範，在此框架下均得重新律定，外界關注海巡和軍方協調情況。據了解，國防部已訂頒「海巡兵力戰時運用規劃」，海巡輔助海軍執行作戰任務的目標，至此越來越清晰。
中共機艦近年侵擾我周邊海空域嚴重，飛機只能仰賴空軍應處，但在海上常因伴隨越界撈捕或盜砂等活動，且在無法有效掌握中方船上人員身分下，海軍不宜直接介入，因此具司法警察身分的海巡，就成為應對的最好選擇，是故海巡在打造新船等新銳戰力組艦上，根據國安高層指導，都有朝第二海軍發展的趨勢。
最顯著的例子，首推去年12月下水的600噸級巡防艦「安平艦」，該艦在設計初期，即是參考海軍沱江艦構型為藍本打造；主武器採用中科院研發的鎮海火箭彈系統，但同時保留管線空間給雄風反艦飛彈使用。演訓時由海軍派員操作，目前也與海軍共同訂定計畫和訓練方式，滿足該艦「平戰轉換」的設定。
國防部頒布平戰轉換作業規範 賦予海巡協助作戰依據
基於此，為讓任務順遂，海巡署與國防部訂頒「海巡署戰時納入國軍防衛作戰體系平戰轉換作業規範」，並由海軍依據海巡各型艦艇特性和限制因素，訂定「海巡兵力戰時運用規劃」，賦予600噸級巡防艦（未來將有12艘）等海巡船艦，戰時能有效協助海軍作戰的依據。 （相關報導： 「宣傳亮點」特戰行軍突在關渡消失 邱國正成蔡政府軍方文宣戰手煞車？ ｜ 更多文章 ）
一旦啟動相關程序，將依行政院命令，納編進入海軍作戰序列，進行監偵、搜救、船舶管制、反制及干擾敵船團行動，以及執行聯合制海作戰等任務。外界亦關注今年國軍漢光演習海巡將扮演何種角色，據悉，海巡將派員參加漢光整備會議和電腦兵推，依海軍規劃的科目，派遣船艦實施戰術訓練，藉以驗證戰時武器系統加裝作業和實彈射擊成效。
