台北市長參選人柯文哲24日晚間，對慈濟內湖園區開發案表態說，「保護區就是保護區，這個叫原則！」而且政府對於所有保護區的政策都要一致，「你如果這個保護區放棄，那其他保護區我怎麼擋別人？」柯笑稱，這樣講實話，讓他喪失慈濟人很多票了。
慈濟基金會2005年向台北市政府申請保護區土地變更為社福用地案，希望在內湖區蓋一棟10層樓高的「慈濟內湖社會福利園區」，但該區屬保護區，變更土地利用方式引發當地居民、學者與環團的反彈，多年來抗議頻頻，北市府組成專案小組進行討論，曾送都市計畫委員會大會闖關失敗。
無黨籍台北市長參選人柯文哲24日晚間上「PTT鄉民有約」節目時，被問到這個爭議開發案，柯文哲說，「基本上我是比較偏環境保護的人」，這個案件該怎麼做就怎麼做，他認為就送內湖地區的都市計畫委員會去審理、考量，但他認為不應把這個案子當成個案，政府的標準要一致，「我很明白問一句話，如果內湖慈濟園區通過，那北投薇閣怎麼辦？」
柯文哲口中的北投薇閣，正是各界也高度關注的，名私立薇閣小學為打造森林幼兒園，目前擬向國有財產署優先承購3000坪保護區國有山坡地，並申請變更為文教用地的案子；柯表示，「一個政府不要每次都當單一事件，它有一個法的一致性，保護區的政策到底是怎樣，你不能說遇到慈濟，你的保護區政策就不一樣，換到北投薇閣要申請學校又不一樣，政府還是要讓人民可預測。」
節目主持人詢問，所以要先擋下來慈濟嗎？柯說，「講實話我已經損失掉很多票，就是慈濟的不會投給我；不過我要很誠實的講，問我的話，我如果保護區就是保護區，這個叫原則，你如果這個保護區放棄，那其他保護區我怎麼擋別人？我不能遇到慈濟的保護區就通過，別人的保護區就不通過，不可以這樣。」柯表示，就將案子交給內湖的都市計畫委員會去討論，若不過就不過，沒有辦法。
但柯文哲在回答過程中，一度天外飛來一筆表示，「我跟慈濟說這樣好了啦，我看哪一個小學要整併了，我弄一個小學給你，跟你換地，你就不要再去搞那塊地了」，主持人緊接著詢問「你有那個權力？」柯說「跟他商量啊！權力應該還是有啊。我如果當台北市長，先辦一個很重要的工作：清查全台北市空地跟低利用土地，這要先握在手中，才知道有多少事情要去處理。」
