《環境影響評估法施行細則》20年來首度大翻修，環保署提出修正草案並於九月連續三周舉行公聽會，因涉及多項影響深遠的變更，引發民間團體關注。由於環評審查掌握開發案生殺大權，更牽動一個地區環境的變更，早已是社會衝突的場域，這次修正有以下三點爭議，稍有不慎，未來衝突可能會更擴大。
應先要求中央、地方審查程序一致，才能談分工
一、依現行規定，一個開發案應由中央環保署審查、或地方政府審查，是看這個開發案的「目的事業主管機關」是誰，如果目的事業主管機關是中央政府，就由環保署審查，如果是地方政府，就由地方的環評會審查。
這次修正草案則打破以目的事業主管機關為界限的審查分工方式，改以開發類型及規模、並以表列方式明訂開發案應歸中央或地方審查。但問題是，環保署並未說明分類是基於什麼標準、原則，因此出現許多奇怪的分法。例如，為什麼「水庫工程」由中央審， 「工業給水工程」又給地方審？
還有，過去台東美麗灣事件中主要的爭議點之一是，美麗灣實質是「觀光飯店」，目的事業主管機關是交通部觀光局，依規定環評要由環保署審查，但最後台東縣政府認定為「一般飯店」，由台東縣政府自行審查。這次環保署修正草案直接改成觀光飯店交由地方審查，這很明顯並不恰當。
理論上，不論中央或地方審，依據的是同一部「環境影響評估法」，給誰審似乎差別不大。但實務上卻是天差地遠，不同縣市的審查程序又不盡相同。
例如依法第一階段環評並沒有公民參與機制，但環保署因受到外界的關注較多，因此透過內部行政規則，即使在一階環評也會在審查前將書件、審查時間及地點上網，審查時也公開讓民眾參與，媒體也能全程在場。因此，除非行政院特別交代要通過的開發案，基本上還能維持一定的公信力。
但地方的環評會就不是這樣了，不但多數未公開審查資訊，民眾到場想表達意見，經常是連門都進不去，更阻止媒體採訪。而且地方環評單位的主管機關是縣市首長，加上縣市首長也擁有環評委員任命權，在這種情況下，只要縣市首長支持的案子，透過行政操作，沒聽說有不過的。
如果環保署要用表列方式決定開發案由中央或地方審，前提是要先明訂地方環評審查程序，包括資料公開、公民參與、媒體採訪權，都應比照中央。如果能這樣，民間團體有什麼理由反對？反之，如果做不到，這種分法就有待商榷，何況許多原本由中央審的開發案轉由地方審，更難以服人。
開發規模與環境影響，不必然有絕對關係
二、依環評法規定，當開發案「對環境有重大影響之虞」需進入二階環評，但什麼情況是「對環境有重大影響之虞」有八個原則性的審查原則，由環評委員在審查時綜合考量做出決定。
