根據數段紀錄計票過程的影片及照片，數萬人質疑18日的蘇格蘭獨立公投計票過程有欠公允，要求由公正且無利益關係的第3方單位重新計票。官方計票主管則強調計票過程在獨立與聯合派雙方監看下「適當地完成」，也對產生疑慮的畫面提出解釋。同時，獨立宣傳陣營的兩大蘇格蘭政黨過去數天內湧入大量黨員，執政黨蘇格蘭民族黨（SNP）更一舉獲得逾2萬成員，超越自由民主黨，躍身成為全英國第3大黨。
近9萬人在美國請願網站「Change.org」向蘇格蘭首席部長薩蒙德（Alex Salmond）連署要求重新進行獨立公投，且這次必須有公正、無利益關係的第3方單位參與計票。請願敘述中表示，「數不清的證據」顯示18日的公投計票過程帶有瑕疵，包括票堆誤置與過多的火災警報。另一份在英國非營利政治運動宣傳網站「38 Degrees」的請願書也累積6萬餘名連署，要求對計票過程進行調查、並進行獨立重新計數。
周末間在網路廣為流傳的主要是3段影片。在獨立派獲勝的鄧迪（Dundee）計票站，放置聯合選票的桌子上，至少可以看見2張選擇「獨立（Yes）」的選票，分別在兩疊選票的最上端；有人懷疑整捆獨立選票被歸類在「聯合（No）」的桌子上。鄧迪突如其來的火災警報，也造成短暫疏散。
一段影片顯示，一名鄧迪計票人員把獨立選票放進聯合選票堆裡。另一段影片則記錄到一名愛丁堡計票人員看似自行在選票上書寫。此前，俄國監票小組也曾提出他們對計票過程的疑慮，認為過程未受完善管理。
官方肯定計票公正性
官方聲明則回應表示，全蘇格蘭的計票過程都在獨立與聯合雙方陣營代表、國際觀察員、媒體與警方的監看下完善執行，他們並未對公正性提出疑慮。聲明也對引發懷疑的影片提出解釋。聲明指出，在聯合票桌上看見的獨立選票，是因為那些選票還沒經過分類，只是暫時先放在標示「No」的桌子上。獨立官方組織「Yes Dundee」也在推特上澄清這一點。
To clarify, ballot papers have not yet been sorted into Yes/No and are just resting on table where No will go once sorted. No need to worry.
— Yes Dundee (@YesDundee) 2014 9月 18日針對看似把獨立選票放進聯合票堆的計票人員，聲明表示，「不清楚為什麼會這樣，也無法確知地點，甚至不能確定這是屬於這場公投的影片。看起來她先前放錯了票堆，因此把選票放回正確的位置。」
對於愛丁堡計票人員貌似在選票上做記號的影片，聲明則解釋，未達50張的選票，會由計票人員用一張紙包起來，並在紙上書寫這疊選票的數目。「這是標準的動作，每一次計票都會發生。」
SNP與蘇格蘭首席部長薩蒙德並未對計票過程提出質疑。
蘇格蘭民族黨成為全英第3大黨
即使獨立未成功，支持獨立的蘇格蘭政黨氣勢大漲。據執政黨SNP幹事長穆瑞（Peter Murrell）在推特上公布的數據，過去100小時以來，SNP湧入超過2萬名新登記的黨員，總人數成長逾7成、已突破4萬5000人。
THUNDERCLAP Got your attention? New @theSNP members now 20,057 #justsaying #wow
— Peter Murrell (@PeterMurrell) 2014 9月 22日這也使得SNP擊敗自由民主黨，成為全英國第3大黨。4月，自民黨官方新聞稿宣布成員在過去1年來增加逾500人，來到4萬4400人；這是近年來首次執政黨能在任內增加黨員數目。
獨立陣營的另一政黨蘇格蘭綠黨（Scottish Green）也在數天內增加了約3000名黨員。蘇格蘭綠黨共同召集人哈維（Patrick Harvie）認為，這顯示獨立公投的確提升了選民的政治參與度。他也相信，「我們將在下一次大選中，成為一個更強的政黨......可以想像蘇格蘭政治版圖將有戲劇性的變化。」
面對競爭對手的猛烈成長，工黨也再度保證一定會完成在公投前的政治承諾，但承認他們必須重新獲得投下獨立票的工黨支持者的信任。蘇格蘭影子大臣庫蘭（Margaret Curran）表示，「我們必須更加了解他們不滿的原因，並做出行動。......我們必須展現，聯合王國可以帶來選民在18日選擇的改變：一個更平等、更具社會正義的蘇格蘭。」
