二代健保自102年1月起實施，衛福部也於同年3月成立「總檢討小組」，以回應各界疑慮並檢視二代健保內容。如今首份檢討報告已完成，其中部份內容曝光指出，未來民眾若未經診所轉診而自行到大醫院就醫，應按患者所耗費的醫療費用一定比率計費，診費漲幅約高達54％。
現行門診部分負擔採齊頭式計費，民眾若直接至醫學中心、區域醫院或地區醫院看病，不論實際耗費多少醫療成本，其門診部分負擔皆依序為360、240、80元。
總檢討報告對此提出建議，「門診部分負擔」應改採「定率制」，按患者所耗費的醫療費用一定比率計費，健保署以20％估算，民眾若未經診所轉診，直接到醫學中心就醫，單次耗費的醫療費用約2769元，乘以20％後，門診部分負擔將從現行360元增至554元，漲幅約高達54％，外加掛號費、藥品部分負擔等，看一次病恐怕要上千元。重病、醫療費高者，門診部分負擔更會高出數倍。
健保署醫務管理組組長林阿明表示，由於《全民健保法》原規定，門診部分負擔依醫療費20％收取，但主管機關可視需要改採定額制，由於當初健保剛上路，擔心每人門診部分負擔不同會造成混亂，才採定額制。
衛福部社會保險司長曲同光則指出，針對門診部分負擔是否由現行的定額制改成定率制，目前實務上仍有衝擊及影響，非立即性決定，也要考量民眾面，還需要從長規劃。
二代健保上路後，因外界質疑聲浪多，衛福部邀集多名學者專家，於102年3月設「二代健保總檢討小組」，由前衛生署長（現已改制衛福部）、現任慈濟大學公共衛生學系教授葉金川任召集人，檢視二代健保，並於今年4月提出檢討報告；但衛福部收到報告至今4個月，遲未公布內容。
曲同光回應，目前仍需針對各項專家建議進行評估，研提短、中、長期改革策略，多項建議關係到民眾權益，需再經由內部會議討論，擬9月公布。
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