飛往倫敦的戈巴契夫無法籌措到足夠的貸款，灰頭土臉地回到莫斯科。KGB主席克留奇克夫等保守派再也忍耐不了戈對蘇聯造成的傷害，趁他休假時發動8月政變。僅管政變迅速結束，葉爾欽成為最大贏家。在烏克蘭獨立公投之後，葉下定決心結束蘇聯⋯⋯
戈巴契夫按政治理念治國，但也要靠智謀，而現在他更得用智謀才能生存。到了1991年初，智謀在蘇聯的嚴重危機中已經沒有太大用處。共黨組織分崩離析。各部會已無法施展中央權威，軍方士氣低落，就連KGB人員也不知道該做什麼。當列夫．謝巴辛受克留奇科夫之命展開調研工作後，對於社會普遍失去方向感感到震驚。他發現在波羅的海國家的首都、海參崴和克拉斯諾雅爾斯克等地，電話根本很少接得通。
1月2日，戈巴契夫和包括謝瓦納茲在內的親信們討論該月底即將召開的中央全會。他對雙邊裁軍、第三世界衝突、官方意識型態和蘇聯的經濟崩潰等議題都興趣缺缺。他只想找到辦法處理民族主義在各共和國蔓延的問題。
亞塞拜然有些政治人物呼籲要和伊朗北部的大批亞塞拜然同胞重新統一。立陶宛騷亂不止。媒體一天到晚批評。還有報告說蘇聯工人階級希望建立某種獨裁體制。戈巴契夫認為解決方法是派克里姆林宮領導人到當地去穩定局勢。他說如果憲法要改革，也必須是在聯邦架構之下。
戈巴契夫決心保留聯邦。蘇聯舊秩序的堡壘已經崩塌，現在的局面很危險，戈巴契夫說要避免再批評軍方。在1990年中失去政治局候補委員位置的格奧爾格．拉祖莫夫斯基（Gerogi Razumovski）講了他在地方黨委員會看到的死氣沉沉。中央委員會書記尼克萊．斯來恩科夫（Nikola Slyunkov）抱怨說一些新成立的合作社都把錢亂花。謝瓦納茲把討論拉回到立陶宛問題。他反對倉促行事，認為按兵不動要比共黨保守派及其軍方同路人所想要的措施來得好。
1月10日，戈巴契夫呼籲蘭茨貝吉斯和立陶宛政府要效忠莫斯科的憲政權威。他表示軍事介入是有可能的，這正是謝瓦納茲最害怕的事情。第2天，蘇聯傘兵部隊開始占據建築物。1月13日，維爾紐斯電視台大樓爆發衝突，有13名立陶宛人被殺。這立即引發全國激憤。立陶宛各大城市都有群眾聚集。
戈巴契夫否認有參與血案，國防部長雅佐夫和內政部長普戈也異口同聲。但人們立刻就質疑即便他沒有下令，他也是選擇性的不阻止。他總愛讓人看不透，他身邊的人—包括切爾尼雅耶夫、雅可夫列夫和謝赫納札羅夫—都不知道他到底為什麼要讓一些明顯屬於共黨保守派的人出任高位。謝赫納札羅夫猜想戈巴契夫是個兩面人：既是激進派，也是名共黨幹部。
不論他在立陶宛首都維爾紐斯屠殺中扮演了什麼角色，結果都傷到了他。立陶宛的民族主義呼聲大漲。這3個自己宣布獨立的國家已把俄羅斯當成是外國，而葉爾欽在愛沙尼亞首都塔林承認了3國的地位。葉爾欽以俄羅斯最高蘇維埃主席的身分譴責了維爾紐斯大屠殺。俄國民主運動人士也在莫斯科示威抗議軍事暴力。
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戈巴契夫沒有讓葉爾欽在1987年秋退出政壇後永遠回不來，現在他要面對這個對手。葉爾欽呼籲要採取更激進的政治經濟政策，他也樂見波羅的海國家獨立出去。
戈巴契夫的國際地位也在下滑。2月25日，在有蘇聯、保加利亞、匈牙利、波蘭、捷克斯洛伐克和羅馬尼亞等國外長和國防部長出席的布加勒斯特會議中，華沙公約組織宣布解散。「經濟互助委員會」也在幾個月後壽終正寢。
戈巴契夫不得不接受不可避免的結果：東歐國家根本不想和蘇聯在軍事或經濟上同盟。他們只想加強他們剛從莫斯科掙脫後的自由。
3月17日，蘇聯領導人舉辦是否維持蘇聯的公民投票，希望能強化自己的地位。多數共和國都是贊成票占多數。英國外長道格拉斯．赫德在3月份訪問莫斯科時還表示希望會出現「新生而自願的聯邦」。他公開表示蘇聯解體對大家都沒有好處，包括西方在內。在私底下，他說葉爾欽是「危險人物」。
在該月份，貝克下令美國駐莫斯科大使館籌辦1個15個蘇聯共和國總統的會議，2大超強的地位不平等已經變得很明顯了。戈巴契夫憤怒地要各位總統都不要參加。
但西方壓力還是不斷。英國首相梅傑在4月份再度向戈巴契夫抱怨蘇聯的生物武器計畫—布萊威特大使請切爾尼雅耶夫把信轉交給蘇聯總統。
英國人一直表達關切到年底，並威脅說將不再提供經濟援助。
戈巴契夫在公投取得勝利，但對於一個衣食無著的社會來說根本毫無意義。謝瓦納茲警告蘇聯可能會在內戰中突然解體：「這是我最害怕的事。」他還說戈巴契夫應該另創一個改革派政黨，謝瓦納茲和雅可夫列夫這些人都會加入。雅可夫列夫寫信給戈巴契夫主張建立兩黨制度。他心知戈巴契夫懷疑他想取而代之，強調自己已經年紀太老。
謝瓦納茲很遺憾戈巴契夫和葉爾欽無法調和歧見。他認為葉爾欽替代戈巴契夫是不錯的人選。他承認戈巴契夫從來不想當「獨裁者」，葉爾欽卻有「威權傾向」。但如果戈巴契夫在莫斯科失勢，葉爾欽似乎比較能保證繼續改革。謝瓦納茲繼續對戈巴契夫保持忠誠，但他的前副手阿達米申卻看得出戈巴契夫讓他失望，甚至背叛他。
謝瓦納茲也覺得外交部高層已沒有什麼「戰略家」—他並不贊成拔擢別斯梅爾特內赫。
雖然他嘴上說並不後悔辭職，但阿達米申認為他只是在自我說服。
戈巴契夫心力交瘁。他可以預見自己的下場會很慘：「先知總是會被釘上十字架，所以我在想我何時會上十字架。」 他把憂慮埋在心裡，但萊莎知道他有多麼意志消沉。她會偷偷和她心愛的人說：「米哈伊爾．謝爾蓋維奇，是時候離開了。去過自己的生活寫回憶錄吧。」有一次她又說：「米哈伊爾．謝爾蓋維奇，你的工作做完了。」
他不聽勸告。除了家人和身邊的人之外，他表現得像是會永遠幹下去。
1991年4月，有一份機密報告評估說，隨著裁減戰略性核子武器，未來6年內可省下115億盧布的預算。
沒有人認為蘇聯可以再撐多久。西方的援助至關重要，戈巴契夫也拜託密特朗幫忙蘇聯加入國際貨幣基金—在G7國家中只有日本表示異議。他希望能達成1項為期5年、每年貸款150億美元的協議（哈佛經濟學家傑佛瑞．薩克斯聲稱蘇聯可以拿到2倍於這個數字的貸款，但戈巴契夫認為不切實際）。他說蘇聯領導層會為此被「愛國派」批評是「喪權辱國」，但他呼籲大家要認清現實：「我們遠遠落後於西方，我們的科學只有好好運用在軍事部門和西方合作是符合國家利益的，是為了讓國家再起—這也是愛國主義。而這該是一種什麼樣的合作型態呢？不是雙邊的，也不是偶一為之的，而是真正的廣泛的融合。」
波羅的海問題持續攪動政治局勢。立陶宛、拉脫維亞和愛沙尼亞都派出領導人到北美和西歐去煽動波羅的海流亡人士。他們駁斥那種不想傷害到戈巴契夫的想法。立陶宛最高會議主席蘭茨貝吉斯在美國國會人權委員會發表演說，譴責蘇聯在立陶宛境內持續破壞法治。他講到蘇聯是如何在1944年併吞他的國家。他和拉脫維亞及愛沙尼亞的總理還去和布希會面。
他們在西歐也忙得不可開交。蘭茨貝吉斯不耐的對法國朋友說：「我們來到法國，你們對我們很好。但你們也不想開罪蘇聯，所以你們和其他國家都不和我們正式建交。現在看看你們的朋友，蘇聯人，趁你們猶豫時正在幹些什麼！」這頓發作收到了預期效果，法國外長羅蘭．杜馬斯（Roland Dumas）表示法國會認真考慮個別和立陶宛建立正式關係。
在蘇聯日趨混亂之際，布希想趕緊完成條約，以免戈巴契夫有什麼閃失。他打電話給戈巴契夫說他們應該在《歐洲傳統武力條約》之外再補上長久討論過的戰略核子武器協議。他巧妙地讓蘇聯總統趕緊對這些議題重視起來。他們很快就談好要簽署一項新條約把戰略核子武器減半。這是重大成就。在經濟上，布希坦言他懷疑帕夫洛夫的政策會有效果，除非蘇聯政府能自己打破市場經濟的障礙，否則他幫不上戈巴契夫什麼忙。
6月5日，他又致函戈巴契夫提出美方關於如何解決定義和數量等癥結點的方案。戈巴契夫也表示要趕快達成協議。
整個蘇聯已來到解體的邊緣。6月17日，克留奇柯夫在最高蘇維埃的閉門會議提出報告說，如果當局無法恢復秩序，蘇聯將在2到3個月內終結。
雖然他說自己支持市場經濟，但強調需要管制。他嘲笑有人幻想西方會提供大量貸款。他聲稱CIA已經在蘇聯公民之間吸收特工。經濟已壞到不行。蘇聯境內的族群衝突越演越烈。組織犯罪也在增加。北約組織不尊重戰後的邊界，經常提出要讓波羅的海國家獨立。
聽到這些話的人都不會認為克留奇科夫還贊成戈巴契夫繼續領導。這不單是克留奇科夫而已。總理帕夫洛夫提出要有緊急權力，並承認自己沒和總統事先討論。反改革的代表們都輪番砲轟戈巴契夫。
於是有人想推翻總統的謠言滿天飛。去年也有過幾次警訊，但戈巴契夫都置之不理。他對一名來自外國情報單位的訪客說他已經受夠了KGB的報告中充滿偏見，這些話都被克留奇科夫監聽了。
帕夫洛夫抱怨西方銀行沒有落實貸款。雅佐夫則質疑當初幹嘛要搞「重建」：「我們到底是為了什麼？」
鮑爾丁指控激進派是在鋪路「向葉爾欽投降」。巴克蘭諾夫則繼續質疑戈巴契夫的裁軍方案。阿赫羅梅耶夫深信戈巴契夫已經毀掉蘇聯的國防能力。
美國政府為蘇聯總統擔心。6月23日，布希在半夜打電話給他。切爾尼雅耶夫要讓他們通上話，但戈巴契夫和萊莎不在公館。第2天早上，戈巴契夫告訴克留奇科夫和鮑爾丁說昨晚沒有去找他是嚴重失職。
在這混亂的幾星期，戈巴契夫收到自己人的報告說莫斯科近郊有可疑的部隊調動。普利馬可夫也警告戈巴契夫不要太信任KGB。
