總統蔡英文表姊夫、勞動部前部長林美珠夫婿吳明鴻將接任最高行政法院院長引發爭議。總統府表示，這是由司法院決定後循程序呈報，總統尊重司法院決定。對此，前立委林濁水在臉書發文質疑，蔡英文和司法院長許宗力「討論」最高行政法院院長人選，「這樣是司法獨立的現象？」
最高行政法院主要是審判我國行政機關處分是否正確，以及針對政府部門而來的相關訴訟。院長藍獻林將滿70歲，蔡英文於25日依法准其退職，並任吳明鴻接任，人事令定於12月31日生效。此舉引發外界抨擊，而林濁水則認為，問題不在「表姐夫」，而是這是蔡英文和司法院長的討論結果。
林濁水提到，其實廢或修改違憲的《司法院組織法》，精神源於結束封建中國的官僚化司法行政體系，建立法官自治，並將法官考評任命委由獨立委員會承擔，在建立健全的憲政體制上，遠比廢考監兩院重要多了。
林濁水也質疑，國民黨對此事的反應是要蔡英文「慎重考量」很怪，難道人事不是司法機關自已決定？總統府反應也怪，媒體沒說司法院提了3個名單請蔡英文勾，為什麼要澄清並沒有？為什麼不說司法院送公文來後，蔡英文依權力分立原則逕行任命，卻說尊重，「有什麼尊不尊重的事？」
