總統蔡英文表姊夫、最高行政法院庭長吳明鴻將接任最高行政法院院長，引發各界質疑，對此，前台南縣長蘇煥智批評，如果最高行政法院院長的任命，都必須由司法院長秉承總統的旨意來任命，那麼我們可以相信「司法是獨立」的嗎？
吳明鴻將接任最高行政法院院長，引發外界質疑。總統府表示，這是經由司法院決定後，循程序呈報，總統也尊重司法院的決定。
司法院也發聲明表示，向總統府薦送吳明鴻出任最高行院長，是因為現任院長藍獻林即將屆齡，司法院本於適才適所之考量，經多方徵詢、斟酌後才薦送吳明鴻為繼任院長，由總統任命，「並無另薦送侯東昇、吳東都庭長二人供總統府圈選之情。」
根據《聯合報》報導指出，總統府是和司法院長許宗力討論後，才確定由吳明鴻接任最高行院長，對此蘇煥智批評，此項任命「內舉不避親」，一般而言有特殊幾等親的關係，其實應該有「利益迴避原則」的問題，總統任命自己的表姐夫當最高行政法院的院長，基本上是違反利益迴避原則。
蘇煥智認為，如果最高行政法院院長的任命，都必須由司法院長秉承總統的旨意來任命，那麼我們可以相信「司法是獨立」的嗎？此次修憲應該要推動廢除司法院，而將法官的考評及任命，交由獨立且經國會同意的「司法委員會」來作考評及任命。
