2012年3月爆發大學教授執行國科會研究計畫報帳不實，因被認定具有《刑法》上公務員身分，遭檢方朝貪污罪方向偵辦。最高法院刑事庭會議24日做出決議，確立公立大學教授不屬於《刑法》上公務員，未來若有核銷費用不實現象，將以詐欺、偽造文書罪偵辦。
根據刑法第十條第二項規定：「受國家、地方自治團體所屬機關依法委託，從事與委託機關權限有關之公共事務者，為公務員」。過去公立大學教授接受政府單位委託執行研究計畫，被認定具公務員身分。若被發現研究案經費核銷不實，即可能遭檢方以觸犯《貪污治罪條例》，得處五年或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣三千萬或六千萬元以下罰金，最重可判到無期徒刑。
最高法院刑事庭會議24日開會討論此議題，認定辦理採購的公立大學教授未從事公共事務(限於公權力的行使)，也沒有法定職務權限，不是《刑法》定義的公務員。檢察總長顏大和表示，最高法院刑事庭會議結論正式出來後，會將結論轉知給相關的檢察機關，作為辦案的參考。
2011年最高法院認定嘉義大學教授余哲仁為刑法上的「授權公務員」，以余哲仁用學校經費卅四萬元購買兩台酒精泵浦，請廠商開假發票報帳為由，依貪污罪判刑三年六個月，後假釋出獄。余哲仁表示，因合作案有契約時效，不得以才請廠商開假發票報帳。他強調自己的研究為農民帶來十億產值，一毛錢也沒拿，卻被判入獄，發誓「不再和政府打交道」。
2012年3月爆發大專院校教授挪用國科會補助款弊案，台、政、師大等近五百名教授都在名單中。多數教授因為不諳核銷程序，為完成研究計畫申報而添購其他公物或私人物品，再以假發票報帳。案發後被以《刑法》詐欺罪、偽造文書罪以及貪污罪嫌起訴。
事件爆發時，時任檢察總長的黃世銘曾表示，以貪污罪方向偵辦，多數檢察署認為涉案的公立學校教授具有公務員身份，因此適用《貪污治罪條例》。
中央研究院院長翁啟惠、前國科會主委朱敬一、教育部部長蔣偉寧則認為，教授若僅是購買項目不符合，未將經費私吞，且未有貪污意圖，若以貪污罪起訴不符比例原則。三人呼籲檢方對於公款公用的涉案教授應以偽造文書罪名，予以緩起訴處分即可。
黃世銘該說法也引起學界論辯，多名法律系教授包含世新大學甘添貴、台灣大學林鈺雄等，連署主張公立學校教師並非屬《刑法》公務員，因其受政府補助、委託或出資之科學技術研究發展不適用《政府採購法》規定，採購過程也沒有招標、審標、決標等行為，國家公權力並未介入，不應以貪污罪偵辦。
24日最高法院刑事庭會議討論表決正式推翻公立大學教授為公務員一說。未來教授若在執行政府或公立研究機關(構)委託研究進行採購時，若有營私、舞弊情事無法除罪，但應改以《刑法》第三三九條詐欺罪，或是二一一條偽造文書罪處罰。兩者刑度較貪污罪輕，分別最高處以五年以下有期徒刑，以及一年以上七年以下有期徒刑。
大專院校教授涉挪用研究補助經費弊案大事紀 | |
2011年1月 |
嘉義大學教授余哲仁被控發票核銷研究補助款不實，遭最高法院認定觸犯《貪污治罪條例》「利用職務詐取財物罪」，判刑3年6個月。 |
2012年3月 |
台大、政大、師大等22位教授涉持假發票核銷經費，總詐領金額高達430餘萬元。檢方認定五人涉案重大，依貪污罪嫌交保候傳。 |
2012年5月 |
案情擴大至全國，近500名教授遭指控涉案。 |
2013年4月 |
中正大學教授林昭任被控拿假發票核銷研究補助款，二審認定觸犯貪污罪判刑5年，最高法院認為林昭任不屬授權公務員，發回更審。 |
2014年1月 |
虎尾科技大學教授莊賦祥被控以假發票核銷研究計畫費用，詐得145萬餘元，台中地院依貪污罪判莊賦祥1年2月徒刑、緩刑4年，以及120小時義務勞務。 |
2014年6月 |
最高法院刑事庭會議認定公立大學教授並非屬公務員身分，不構成貪污罪。 |
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