近幾個月來，媒體不斷報導台南市長賴清德組閣的消息，總統府、行政院及賴清德屢次都否認。不過，根據行政院長林全今（5）日的說法，他在賴於6月17日赴美前，就首度探詢賴的意願，賴24日返國後，他迫不急待再與賴見面，賴當時表示願意「正面思考」，這也讓他「放下心頭的重擔」，他很感謝賴願意承擔重責，而他們這段期間也「偷偷見面幾次」，討論相關事宜，以求無縫接軌。
林全5日也出席總統蔡英文宣布內閣改組的記者會。他說他到了總統府才知道他也要致詞，但他仍感到很高興、很感謝，「心情有點像畢業典禮」。
賴清德將組閣的消息在4日經媒體搶先曝光後，林全將原定幾個小時後才要對外正式說明他已在3日向蔡英文提出辭呈的記者會提前舉行。在4日的記者會上，林全對總統、行政團隊、立法院長蘇嘉全及各黨黨團、民間團體以及媒體表達感謝，他5日的感謝名單多人一人，就是賴清德。
林全說，他非常感謝賴市長，「願意承擔這樣一個重責，讓我們交棒工作能順利圓滿，讓我的工作能夠畫下一個完美的句點」。
林全指出，他6月建議總統重組內閣團隊，同時也提出他對於情勢的分析與看法，總統詢問他對於接替人選的意見，他們都認為，賴清德是現階段最能幫助行政團隊的人，他並徵詢總統意見，由他先勸賴，在賴出國前就與他見面，他告訴賴，「國家很需要他幫忙」，他並向賴分析換人的必要性與意義。
賴清德在6月17日赴美訪問。林全說，他與賴見面後，認為賴「非常誠意思考這問題」，賴完全不考慮個人，只考慮由他擔任閣揆對國家有什麼幫助。
賴在24日結束訪問返國，林全說，他「迫不及待與他（賴）第2次碰面」，直到賴表示願意正面思考，他才放下心中的重擔，也向總統報告，總統也有從「側面探詢」賴的想法。而在這之後，林全說，為了要能達到無縫接軌，他與賴「陸陸續續有偷偷見面幾次」，不想讓媒體知道，以免引起太多流言，很不幸因為要無縫接軌，「難免涉及意見的徵詢」，讓媒體看出這個規劃。
林全接著說，但這些都是「準備動作」，內閣改組還是要總統拍板才算數，且總統交代給他的任務，他當時也還沒有完成，還是必須全力以赴。
媒體4日將他提出辭呈的消息曝光後，蔡英文也批准辭呈。林全說，他很高興總統同意他辭職，讓新的閣揆能順利接棒。 （相關報導： 獨家》台南市長由文官李孟諺代理，賴清德「效忠」小英 ｜ 更多文章 ）
立法院新會期將於9月22日開議，林全說，後續的時間有點緊迫，「很不好意思，給市長的時間不夠寬裕」，但他會盡他的所能，不管是業務或者人事，他會就他所知道的，與賴市長分享、提供分析、幫忙，務必希望讓內閣交接能順利，他在任內還沒做完、或者沒做好的部分，請各位能原諒，也「請賴市長未來能繼續幫忙，把我不能完成的，或做得不好的工作，能做得更完善」。
