總統蔡英文內閣的「林下賴上」震撼彈，以及接下來的內閣大換血，引發關注。許多政策都需要中央協助的台北市長柯文哲，於5日上午參加老人共餐據點記者會後，被媒體問及對賴清德任行政院長的看法，柯笑說，賴「任重道遠」，還強調兩人同為醫師，相比與前閣揆林全，與賴能用別人聽不懂的醫學名詞溝通，他還勉勵賴「很多事情是因為困難才找你，做得好就大功一件」，並罕見對賴表示「加油」之意，釋放善意的味道濃厚。
由於賴清德北上任閣揆，幾乎象徵2018年不會與柯文哲競爭台北市長，據了解，柯文哲最擔心的民進黨可能的市長頭號大敵，因此消除，放眼政壇，綠營當中無人可與他匹敵北市長；加上賴與柯同為醫界出身，雖一位是南部內科醫師，一位是北部外科醫師，派別不同，過去也沒有頻繁交集，但據了解，在柯文哲的思考中，一位有醫界實務經驗的同行（賴），總比學術教授（林）更好溝通，有共同的語言，相對於柯P認為無法與身為學者的林全「友善溝通」，賴的上任有助於將台北市政加速推行，這也符合柯文哲當前的戰略思考：市政做好優先，選舉的事情，基於他認知自己的團隊資源不足，先放其次，明年再說。
柯文哲今受訪時展現好心情，且有意突顯與賴的好交情及溝通無礙，「我跟賴清德滿好的，而且我們兩個在講話，別人都聽不懂，因為都用醫學名詞」，柯文哲笑得開心，「同樣是醫生，有共同的語言」。對照柯日前公開罵林全內閣的前瞻「只想花錢」，顯出柯與兩人溝通順暢度的差別，以及柯文哲以是否為我「同類」的角度，來檢視林、賴兩人為他帶來政治上的意義。
內、外科醫師雖為「同類」，也有「共通語言」，也符合柯文哲對實務醫師的看重程度更高於純學者的思考，但若更細緻地看，內、外科醫師也有需要「磨合」的地方。
外科醫師柯文哲看內科賴清德:穩紮穩打是個優點
據了解，以柯過去在台大醫院與內科互動的情況來看，柯認為，內科醫生動作比較慢，與他「快快快」的市政作風有差別。因此，這也是柯團隊將來要與賴領軍的內閣磨合的地方。柯文哲今對此一反過去的想法，倒是樂觀看待，「內科醫生動作比較慢，穩紮穩打也是個優點」，展現對賴的包容度。
不過，在醫院內，內、外科吵架與意見不合，倒也不是新鮮事，甚至是經常性地發生，加上柯文哲是個不怕在溝通上與人起衝突的人，因此，有府內人士分析，衝突這件事，或許有機會轉化為柯、賴兩人的「溝通默契」，加以柯在醫院內曾以外科醫師的角度，插手內科，開設內科管理的「急診後送病房」，因此，若賴未來在與北市合作上，有所「不作為」，柯也會扛起來自己做，就像當初插手內科一樣。
2024和賴清德競選總統?柯文哲:想太遠了
記者詢問依照過去歷史經驗，接了行政院院長就無法當總統，是否斷了賴市長的總統夢？柯文哲表示，凡事都有第一次，沒有差，不過他也不知道賴市長會不會選總統。記者仍追問賴市長可能會選2024年的總統，可能會對上他？柯文哲笑說，明天的事都很難預測，還講到2024年，太遠了。對於作為一個急重症醫師出身的人，講這種都沒有用，所以他常說誰知道他四年前在那裏嗎？ （相關報導： 獨家》台南市長由文官李孟諺代理，賴清德「效忠」小英 ｜ 更多文章 ）
對於有人說是蔡總統成功收編賴清德市長，他怎麼看？柯文哲說，不用想那麼多吧！大概這個時間也只能這麼做。至於有人說閣揆是一個消耗品，柯文哲認為，他有看過林濁水的文章，從2000年到現在，行政院長平均任期是1.33年，這表示雙首長制度好像有些問題。記者追問兩個強勢的雙首長會不會造成問題？柯文哲思考了一下表示，不要評論個人，但中華民國的雙首長制度是有問題的。
