教育部與科技部分別推出的加薪計畫，實際上是邏輯混淆的。
如果台灣的大學教師薪水真的過低，就不該只是幫教授、或所謂的玉山教授、或是成功申請科技部計畫的大專教師加薪，而應該是全面加薪。要是目的在於補救年金改革造成公立大學教師的退休金大幅下降，實際受損者也不僅限於教授級的大學教師。而且，只要這些計畫措施都沒有觸及本俸，或是退休金繼續以本俸為計算基準，而非以實際所得為準，那麼獎勵、增加學術加給都一樣無助於解決退休金因年金改革而大幅縮水的問題。
若是擔心人才外流、或是搶不到外國人才，那麼應聘到中國或其他國家任教的，也不只是教授級的大學教師，雖說確實比較可能被其他國家挖角的是教授級的。但反過來說，聘人有時候要考量的是潛力而不是職級，否則就只是撿現成，只想立即把這些教授的著作列入新任職機構的帳上而已。想要提昇學術水準，卻不是從改善研究與教學環境著手（別忘了大學的目的或學術的意義都不只在於研究），而只想速成地增加帳面上的數字，這就是虛偽、就是投機取巧。
實際上，我們的學期過長、授課負擔過重、評估研究表現的標準過於形式化與量化、評估教學成效的標準沒有公信力，乃至於為了爭取一個又一個所謂頂大計劃、教學卓越計畫、高教深耕計畫、大學社會責任計畫等等的資源，以及應付從個人到校務的評鑑，大學教師不斷地得幫忙寫計劃書與填表交代自己的業績，甚至還得詳細註明計畫經費金額，簡直就像業務員那樣、還有因此衍生出一堆審查的工作，這些才是真正對教學研究工作的干擾。
其實，就如同教育部在報導中所做的說明，不論是玉山學者還是幫教授加薪，又再度重演蘿蔔與棒子（像是限期升等就又是另一種干擾）的把戲，重點在於拉大教授與副教授的薪資差距、拉大有科技部計畫與沒有科技部計畫的大學教師的收入差距，以及拉大所謂玉山學者與非玉山學者之間的收入差距。但事實上，科技部計畫主持人費的制度、或是教育部國家講座、吳大猷獎、科技部傑出獎等獎項的設置，早就行之有年。如果這有助於整體學術環境的改善，也早該有效果了。難道問題的關鍵只是在於獎勵不夠大、因而收入差距還不夠大嗎？
更進一步說，其實科技部計畫主持人費的設置本身，就是一個奇怪的歷史產物。科技部計畫主持人費是由國科會甲等獎轉化而來，原來確實是為了給予大學教授收入的補貼，但卻也一直就是只給少數人，而不是真正解決「當年」大學教師收入過低的問題。原本國科會甲等獎是由大學教師提出著作來申請，也就是與國科會計畫（今日的科技部計畫）脫勾。但在2001年廢除甲等獎以後，就變成與科技部計畫的申請結合在一起，而變成所謂的國科會計畫主持人費。 （相關報導： 詹昭能觀點：學閥吃香喝辣，｢玉山計畫｣也救不了台灣高教 ｜ 更多文章 ）
一樣地，如果大專教師的收入過低，理應要從薪資調整來解決，因為這還涉及了退休金的計算。以過去的甲等獎或今日的科技部計畫主持人費的方式來做補貼，只是便宜行事，早該回到正軌徹底解決。並且，與科技部計畫的申請結合的加薪方式，以及許多學校還以科技部計畫來抵免授課時數，更使得原本不太需要申請科技部計畫、不太需要研究助理的學科與學者，都被迫每年申請計劃。而完全不考慮學術研究的階段性發展（資料收集與分析、寫作、甚至是醞釀，這些階段所需要從事的工作並不相同），每年申請研究計畫，實際上也是對學術研究的干擾。
