行政院26日發布第2波內閣改組名單，遭異動的6位閣員中，財經政委薛琦去職讓外界最為訝異。據了解，薛琦的去職，和他主張此時不宜調高金融營業稅有關；薛琦認為，目前景氣尚未好轉，調高稅率不但難達稅收增加的目標，恐怕還會重挫金融業競爭力，但他的意見不但未獲高層採納，且在這波改組中箭落馬。
知情人士說，薛琦去職「事出有因」，行政院討論將金融營業稅從2%調高到5%過程中，薛琦力主不能只考慮稅收，也要考量金融業的負擔，勿重蹈證所稅覆轍；薛琦認為，金融營業稅不是不能調高，但時間點很重要，前年政院推出復徵證所稅政策，不但沒增加稅收，還造成台股雪上加霜，重創經濟動能，不可不慎。
不過，財經老臣的建議，未被行政院長江宜樺採納，還變成無預警下台的引信。知情人士表示，行政院端出的財政健全方案，很明顯是為了年底選舉，對全民加稅怕流失選票，財政部可用選項相當有限，所以只好拿銀行開刀，將金融營業稅從2%調高到5%，但薛琦堅持政策要整體、長期考量，主張和高層不同，成為去職導火線。
前馬政府財經官員指出，現在馬政府要的都是聽話的人，以前在行政院會中，各部會首長可以各陳立場、激烈辯論，最後產生最適合的政策，現在如果在外面講不同意見，就會被視為沒有團隊精神，敢講話的就換掉，如今「政務官完全不像政務官了」。
去年2月，薛琦放棄證交所數百萬元的年薪重返內閣，當時外界咸認為，以他豐富的財經專業，可以帶領年輕財經閣員拼經濟，朝野立委也難得看法一致寄予厚望；薛琦屬於「開放派」，過去在連戰擔任行政院長時代，身為經建會副主委的他，和當時擔任央行外匯局長的彭淮南，常在行政院會針對金融自由化舌戰，外界戲稱是白面書生槓火爆浪子。
薛琦重返內閣後，在人民幣離岸中心、第三方支付、電業法等政策上，都著力頗深。過去薛琦雖然敢言，但穩重老練的他，在江內閣中不算是大砲型人物，這次突遭撤換，和去年初他放棄證交所董事長職位重返內閣，一樣讓外界跌破眼鏡。
